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流动相pH越高出峰时间越晚。流动性酸性对液相_峰时间的影响，主要看酸性的大小，如果酸性不强量也不大基本上没有影响，反之是有影响的，严重时还会损坏色谱柱。如果是中性物质，水相pH值的酸碱性对它没什么影响。不过酸性物质和碱性物质的影响就比较大。比如，碱性物质在pH值6.8的缓冲液里保留时间就会比较靠后，如果pH值变成4.5，那么保留时间肯定会前移。另外水相pH值对于峰型也会有影响。所以水相pH值通常是根据被测物质的PKa值来确定的。
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