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形态与染色淋球菌呈卵圆形或豆形，菌体长0.6～0.8µm，宽约0.5µm。常成对排列，邻近面扁平或稍凹陷，像两粒豆子对在一起。无鞭毛，不形成芽孢。在急性感染的机体内，其形态较典型，多位于细胞浆内。慢性期则在细胞外。淋球菌革兰染色阴性。用碱性美蓝染色时，菌体呈蓝色。用Pappehheim Saathof染色时，菌体呈红色，背景为天蓝色，十分清晰。
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