LYH的鉴别诊断主要包括鞍区肿瘤和非肿瘤性垂体病变。肿瘤性病变是鞍区最常见的疾病(（约90%)）主要包括功能性和无功能性垂体腺瘤、颅咽管瘤、脑膜瘤、生殖细胞瘤、畸胎瘤、转移癌等；非肿瘤性病变包括先天性疾病 (（如Rathke's 囊肿、垂体发育不良)）,循环系统疾病(（如Sheehan's综合征)）、垂体增生、空泡蝶鞍综合征和各种垂体炎.垂体炎又斑块原发性和继发性垂体炎。原发性垂体炎分为肉芽肿垂体炎、黄瘤病性垂体炎、坏死性垂体炎和LYH。
垂体腺瘤 垂体腺瘤是鞍区最常见的占位性病变。垂体腺瘤一般成人多见可引起不育一般不累及后叶因此一般不会出现CDI。巨大瘤可压迫视交叉引起视力视野改变。根据临床症状和激素分泌过多的生化证据一般比较容易将功能性垂体腺瘤与LYH鉴别。对于无功能垂体腺瘤具有起病缓慢肿瘤占位效应相关的症状不明显可以有垂体前叶激素的缺乏但与LYH不同的是促性腺激素和GH激素缺乏更常见。因此性激素缺乏的症状往往是垂体无功能腺瘤患者就诊的原因。垂体腺瘤MRI表现为T1等或低信号影强化后为低信号区；无垂体柄和下丘脑受累表现。
生殖细胞瘤（鞍区） LINH需要与生殖细胞瘤（鞍区）和Langerhans’细胞组织细胞增生症等鉴别。这些疾病也可表现为CDI和垂体柄增粗。生殖细胞瘤（鞍区）主要见于儿童青少年其主要症状群与LYH相似但尿崩症更多见一般不伴前叶激素缺乏或仅部分缺乏垂体前叶功能受累最常见的是GH、其次是LH/FSHACTH和TSH缺乏相对少见。可以合并高泌乳素血症但PRL多<100 pg/ml常常伴有颅神经受累。CSF中hCG、AFP可升高。MRI显示病变好发于三室后部鞍上病灶常为转移灶可见三室前隐窝及漏斗分叶状增大。T1等信号T2稍高信号强化明显。
垂体脓肿 垂体脓肿非常罕见。病因包括临近组织感染血行播散或直接扩展、也可以是海绵窦栓塞的合并症继发性垂体脓肿大多是手术或放射治疗的并发症。最常见的症状包括长期(（>2 months)）头痛,视觉异常, 脑膜炎的体征,发热或血常规示白细胞增多。约30–50% 的患者起病时发生垂体前叶功能减退或CDI: 首先出现的是GH缺乏,其次是FSH/LH、TSH)）和ACTH。少数患者出现高泌乳素血症（约15%）。垂体脓肿常常是一个长期、慢性的过程缺乏明显的感染的表现也常常误诊为垂体瘤。MRI表现为圆形鞍区囊性病变T1为低信号或等信号T2为高信号或等信号, 增强后周边强化明显（环状强化表明病变中央坏死）。大多数病例感染治愈后出现永久性垂体前叶和/或后叶功能低下。
鞍区结核性肉芽肿 结核性垂体炎的病理学特点是中央坏死周围是上皮样巨噬细胞淋巴细胞浆细胞和朗格汉巨细胞。虽然结核在发展中国家比较常见但结核性垂体炎非常罕见。头痛是最早出现也是最常见的症状且大多伴随视觉异常。临床上有垂体前叶功能低下和高泌乳素血症的表现如女性出现闭经、溢乳男性性欲下降。CDI也较常见。MRI表现为鞍区肿块垂体柄结节状增粗。
结节病 结节病是一种慢性多系统疾病多见于青年和中年人以受累器官形成免疫性肉芽肿为特征。最常见的受累部位是肺、皮肤和淋巴结。结节病很少累及内分泌系统但下丘脑和垂体常常会受累。大约25－33%的神经结节病（neurosarcoidosis）患者发生CDI。约3–32%的患者出现高泌乳素血症。垂体功能异常中最常见的是促性腺激素分泌缺乏其次是CDI。MRI表现有T1垂体后叶高信号消失病变T1为等信号且增强扫描时可以强化。部分患者糖皮质激素治疗后MRI可以明显改善。但垂体功能异常则是不可逆的。
Wegener’s 肉芽肿 Wegener’s肉芽肿 (（WG)） 是一种以坏死性肉芽肿性小血管炎为特征的全身性疾病。其发病可能与ANCAs抗体有关。女性多见(（74%)） 。常累及的部位有耳、鼻和咽喉肺和肾关节、皮肤、眼等。垂体受累极为罕见而且主要累及后叶引起CDI。偶尔在起病时或疾病发展的过程中发生部分或完全性垂体前叶功能异常。根据文献资料大约一半累及垂体的患者主要表现为CDI约三分之一的患者同时存在垂体前叶和后叶功能异常。MRI显示为垂体增大、均匀强化垂体柄增粗特别是漏斗偏上部分。
其它原发性垂体炎 主要包括肉芽肿垂体炎和黄瘤性垂体炎, 虽然非常少见但其临床和影像学表现均与LYH极为相似一般只能通过组织学检查鉴别。因此有人认为这些疾病是相同的疾病的不同表现而且它们的治疗也相似。
继发性垂体炎 是指垂体炎症继发于邻近组织感染、肿瘤反应性炎症或是全身系统性疾病的一部分。主要包括与结核、梅毒和结节病相关的肉芽肿垂体炎和鞍区肿瘤相关的反应性垂体炎（见表）。鉴别主要根据病史(（已知的慢性疾病)）、实验室检查(（结核菌素试验、结核或梅毒抗体、血管紧张素I转换酶的测定等)）, 影像学检查(（结核和结节病)）
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