预后决定于下列几个因素：
1.全身情况和泌尿系以外的结核病状况（因为男性患者常并发生殖系统结核，所以女性患者一般较男性预后好）。
2.膀胱结核病变的轻重。
3.对侧肾脏病变与功能状况。
4.治疗时机和治疗的正确性。
抗结核药物问世之前，肾结核的治疗主要是切除感染的肾脏；抗结核药物广泛应用于肾结核之后，不仅可以治愈早中期患者，而且也显著改善了严重及晚期肾结核患者（如双肾结核、孤立肾肾结核、肾结核对侧肾积水、膀胱挛缩、结核性膀胱阴道瘘、结核性膀胱直肠瘘、结核性尿道瘘等）的预后，使需要外科手术治疗的患者大大减少，极大地保护了肾功能。近年的报道总病死率为2%～50%。早期治疗效果明显，晚期治疗预后不良。
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