按照2008年5月发布的《人感染禽流感诊疗方案（2008版）》和2013年4月发布的《人感染H7N9禽流感诊疗方案（2013年第2版）》中的标准，根据流行病学接触史、临床表现及实验室检查结果，可做出人感染H5N1或H7N9禽流感的诊断。在流行病学史不详的情况下，根据临床表现、辅助检查和实验室检测结果，特别是从患者呼吸道分泌物标本中分离出禽流感病毒，或禽流感病毒核酸检测阳性，或动态检测双份血清禽流感病毒特异性抗体阳转或呈4倍或以上升高，可作出人感染禽流感的诊断。
应主要依靠病原学检测与其他的不明原因肺炎进行鉴别，如季节性流感（含甲型H1N1流感）、细菌性肺炎、严重急性呼吸综合征（SARS）、新型冠状病毒肺炎、腺病毒肺炎、衣原体肺炎、支原体肺炎等疾病。
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