由于本病有上腹闷胀不适、黄疸，有时并发胆道感染、血清淀粉酶升高，可误诊为胆管结石，但根据反复发作史、夏科氏三联征、波动性黄疸、影像学检查可加以区别。少数可误诊为传染性肝炎，可根据壶腹癌时AKP升高、转氨酶与血清胆红素发展不平行作出鉴别。也有误诊为胆管癌、肝癌的，可根据影像学胆管癌之胆管呈偏心性狭窄，肝癌时的特征性声像图及AFP升高与本病进行区别。有时易与胰头癌相混淆，但胰腺癌腹腹痛重于本病，B超、CT、等检查可见胰腺内肿块。临床上可进行B超、PTC、ERCP、CT、MRI等检查，结合症状、体征便可诊断本病，并与易误诊的有关疾病相鉴别。
以往曾习惯将胰头癌包括在法特壶腹癌内，然而两者在病程、手术切除率、预后等均有明显不同，后者发展缓慢，黄疸出现早，手术切除率60%左右，5年治愈率达40%～45%；而胰头癌发展快，迅速出现胰腺和周围淋巴结转移，黄疸出现晚，手术切除率20%左右，5年治愈仅10%。壶腹周围4种癌的鉴别主要依靠B超、ERCP、PCT及CT或MRI检查。
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