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种类、形态、治疗方法不同。根据查询百度百科显示,嗜肺军团菌与孢子菌的区别如下:1.种类不同:嗜肺军团菌是细菌;孢子菌是真菌。2.形态不同:嗜肺军团菌有鞭毛,革兰氏阴性,属于多形态性的短小球杆菌;孢子菌属于真菌,通常为真核细胞,有核膜和核仁的细胞器。3.治疗方法不同:嗜肺军团菌感染可使用红霉素、氯霉素等治疗;孢子菌感染可使用酮康唑、伊曲康唑等治疗。