1.本菌特征
革兰阳性球菌，触酶试验阴性，在6.5%NaCl中生长，胆汁七叶苷试验阳性，45℃中生长 [5] 。
2.与链球菌属和乳球菌属的鉴别
肠球菌属能在pH9.6的肉汤和45℃环境中生长，胆汁七叶苷和盐耐受试验阳性，而链球菌属和乳球菌属则相反 [5] 。
3.与屎肠球菌、鸟肠球菌的鉴别
粪肠球菌不分解L-阿拉伯糖，分解山梨觅醇。屎肠球菌能分解Ⅰ-阿拉伯糖，不分解山梨醇。鸟肠球菌分解L-阿拉伯糖、山梨醇 [5] 。
4.与铅黄肠球菌、鹑鸡肠球菌的鉴别
粪肠球菌不分解鼠李糖，亚碲酸盐试定验阳性，铅黄肠球菌、鹑鸡肠球菌则相反。铅黄肠球菌与鹑鸡肠球菌的区别，铅黄肠球菌产黄色素鹑鸡肠球菌则不产 [5] 。
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