脑干脑炎病症的严重程度，差别很大，轻度脑炎的症状跟任何病毒感染相同：头痛、发热、体力衰弱、没有食欲。较严重的脑干脑炎症状，是脑的功能受到明显的影响，造成心烦气躁、不安及嗜睡，最严重的症状是臂部或腿部肌肉无力，双重视觉（复视)言及听觉困难，有些病例的嗜睡现象，会转变为昏迷不醒。
轻度脑干脑炎很常见，甚至会不为人所察觉。但在一千个麻疹病例中，大约会有一个引发轻度脑干脑炎。其危害程度，要看患者的年龄，及造成脑干脑炎的感染原是哪一种而定。
婴儿及老年人患脑干脑炎可能会致命，但其他年龄的人患脑干脑炎则可能会完全复原，有时候是在经过长时间患重病之后复原。虽然脑干脑炎可能造成脑的永久性损害，但产生严重后果的百分比却不高。
1.全身毒血症状：发热、头痛、身痛、恶心、呕吐、乏力。少数有出血疹及心肌炎表现。热程约7～10天。
2.神经系统症状：意识障碍，脑膜刺激征。第2病日后，可出现颈肌及肩胛肌弛缓性瘫痪，以致头下垂及手臂不能上举，摇摇无依。脑神经及下肢受累少见。瘫痪约2～3周可恢复，约半数肌肉萎缩。轻症可无明显神经症状。
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