根据疼痛持续时间、频率和特征分为慢性肛门直肠疼痛和痉挛性肛门直肠疼痛，前者包括肛提肌综合征和非特异性功能性肛门直肠疼痛。
1.慢性肛门直肠疼痛
表现为肛门直肠部位的模糊钝痛，通常疼痛时间较长(超过20分钟)，或呈直肠压力感增加，坐位比立位或卧位重，持续数小时至数天，有晨起症状轻、中午加重、晚上症状消失的规律。根据牵拉耻骨直肠肌有无疼痛分为肛提肌综合征和非特异性肛门直肠疼痛，前者出现疼痛，后者无疼痛。
2.痉挛性肛门直肠疼痛
表现为反复发作的局限于肛门或直肠下段的痉挛性锐痛，应激事件或焦虑常为诱因。多在夜间发作，影响睡眠，短时间(数秒至数分钟)内可自行缓解，不留有其他不适。
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