作用机制埃索美拉唑的作用机制与奥美拉唑相同，即在酸性条件下质子化，埃索美拉唑转变为具有抑制H+/K+ -ATP酶活性的化合物次磺酰胺，迅速与H+/K+ -ATP酶上半胱氨酸的巯基结合形成二硫键，从而使酶失活，特异性抑制胃壁细胞内的H+/K+ -ATP酶活性从而抑制胃酸分泌。抑酸能力现有研究表明，重复给药时，静脉给予埃索美拉唑与口服埃索美拉唑抑酸效果一致。另外，同一包装埃索美拉唑钠可同时用于静脉注射和静脉滴注。静脉注射（3分钟）和静脉滴注（30分钟）40 mg埃索美拉唑，连续10天，两组胃酸抑制效果一致。在胃食管反流患者中，静脉或口服埃索美拉唑40 mg/d或20 mg/d，共10天，虽然静脉给药组基础胃酸分泌（BAO）和胃泌素刺激最大胃酸分泌（MAO）较口服组偏高，但是差异不具显著性，说明持续治疗10天时，静脉是口服给药可接受的替代途径。
研究表明，注射用埃索美拉唑抑酸能力较其他注射用PPI更快、更有效。Dirk等给予健康志愿者40 mg埃索美拉唑或40 mg泮托拉唑单一剂量静脉注射，然后连续监测胃内pH发现，两组用药后前6小时pH>4的持续时间分别为3.4和2.1小时，24小时对应值分别为11.8和7.2小时。而Wilder等的研究表明，在同等剂量下，重复静脉滴注埃索美拉唑较泮托拉唑抑制胃酸更快、更有效。近来研究也表明，在同等剂量下，静脉应用埃索美拉唑抑制基础状态和刺激状态下胃酸分泌的作用较奥美拉唑更快、更完全。
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