在液相色谱方法开发时选择合适的有机溶剂需要考虑几大关键因素（见最后的表格）。其中，黏度是重要因素之一，因为高黏度溶剂会产生高背压，因而可能会对仪器系统带来限制。
其它重要的溶剂特征还包括UV截止波长和极性指数：UV截止波长较高会导致UV/Vis检测的灵敏度不佳，而溶剂的极性指数较低则往往会导致化合物洗脱较快，因而通常用于色谱柱的清洗。
优选溶剂：
乙腈、甲醇、丙酮
乙腈 毫无疑问是优选的有机溶剂，因为其在与水的混合体系中产生的系统背压极低，而且UV截止波长也很低，因此UV/Vis检测的灵敏度更高。
甲醇 是另一种常用的有机溶剂，它的洗脱强度与乙腈相当，UV吸收相对其他溶剂也较低，而且价格比乙腈便宜得多。甲醇的主要缺点是粘度较大带来的高背压，尤其是在使用小粒径的HPLC色谱柱时更为明显。
虽然丙酮 的UV吸收较高，但如果分析物在较高的UV波长进行检测，或者使用其它类型检测器，如质谱或ELSD，则丙酮也可以进行有效的使用。
次选溶剂：
乙醇、异丙醇/正丙醇、四氢呋喃
一般不建议使用乙醇，因为其在与水的混合体系中产生很高的背压。但是有时乙醇对于针对成品的制备方法来说是优先选择，因为它可以避免溶剂残留。
异丙醇和正丙醇 的洗脱强度较高，也是色谱柱进行低流速清洗最常用的溶剂，但是它们同样会产生较高的背压。另外，它们是很好的助溶剂，在分析完整蛋白时经常被使用。
四氢呋喃 的洗脱强度与正丙醇相当，但由于较昂贵所以不太常用。但是，它可以作为脂肪或高色素样品的清洗或再生溶剂。
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