高效液相色谱法包括正相色谱和反相色谱两种，用于分离、定量、鉴定和分析化学或生物样品的成分。然而，这两种方法彼此之间有很大的不同，在大多数情况下反相HPLC是更好的选择。
在正相HPLC中，样品的分离是通过在固定相中使用亲水性基团（容易溶于水或被水吸收）来完成的，使极性成分最后被分离出来。在这种情况下，固定相是极性的，而流动相是非极性的。
在反相HPLC中正好相反。首先需要去除极性成分，并且在固定相中使用亲脂性基团（可以溶解在脂质、脂肪、油和非极性溶剂中）。在这种情况下，固定相是非极性的，流动相是极性的。
反相HPLC的优势
反相HPLC可以在流动相中使用水或水性溶剂。与正相HPLC相比，具有以下几点优势：
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与其他HPLC方法相比，成本更低
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溶剂毒性较低，对环境的危害较小
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获得准确结果的同时，需要更小的样本量
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减少溶剂蒸发
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可以通过调节pH值，改善样品分离的能力
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固定相可以保留大多数的有机分子
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降低分析物保留时间偏移情况的出现
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提高梯度分离的准确性
除此之外，使用反相HPLC还有另一个显著优势。由于使用疏水性的固定相，反相HPLC有分析含有极性(亲水)，非极性(疏水)，离子和可电离化合物样品的能力。
这些化合物在许多方面具有相似性，用其他方法可能难以分离。反相HPLC可以准确分析这些特征相似的物质从而显著提高了该方法所适用的样品类型的灵活性。
然而，任何事物都会有它的缺点，反相HPLC的缺点是：
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需要不断提升分离技术及能力
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难以分析胺和水不溶性化合物
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需要提升系统耐压能力
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pH值大于7.5时硅胶会溶解
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无法回收洗脱的样品
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需要使用其他方法来识别分析物
尽管存在这些缺点，但是因为具有广泛的适用性，且易于重现，反相HPLC依然是最常用的分离技术之一。
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