Rachel Rowlinson
蛋白质质谱专家，
Peak Proteins
蛋白质是一类应用领域广泛且非常有价值的大分子。为了获得正确折叠的、有生物活性的目标分子，在蛋白表达和纯化的过程中通常需要大量进行蛋白工程改造，结构和功能分析以及问题排查。Peak Proteins 公司能给客户提供从蛋白生产到结构表征全方位的服务，而质谱做为非常重要的平台为 Peak Proteins 客户提供高质量的蛋白产品进行全面的保障。
Peak Proteins 是一家位于英国柴郡（Cheshire, UK）的高新技术公司，这家公司已经在蛋白质科学领域耕耘数十载，基于相关领域深厚的积累广泛服务于蛋白质领域的相关客户。Rachel Rowlinson 是该公司蛋白质质谱分析领域的专家，接下来，她将探讨一下在蛋白质组学和蛋白质的表征方面质谱技术是如何快速获准确、可靠的结果，如何更好地支持公司的业务。Rachel 解释道：“Peak Proteins 公司成立于五年前，公司主要关注点是将蛋白质作为工具用于支持小分子药物和生物药物的发现。我们的业务覆盖了从大规模的蛋白表达到后续的蛋白质晶体学研究和结构确认整个流程，客户在项目的所有阶段都 可以联系我们寻求帮助，从早期的分子结构设计、到蛋白表达和纯化，我们还有一个优势在于可以根据客户的具体要求对蛋白质的序列进行改造。”
Rachel 所在的团队的日常工作主要是使用质谱技术进行蛋白质分子量的测定以及深度肽图分析。“我是在大约一年之前加入公司，然后在蛋白质质谱分析业务部门工作，蛋白质质谱分析技术是我们日常工作中不可或缺的。蛋白表达工作难度大而不容易掌控， 并非所有的蛋白都会正确的折叠，而蛋白的错误折叠会影响其活性，我们工作中的大部分时间都是在解决这些问题，在整个流程中质谱技术能帮助我们在关键时刻做出正确的决策。我在蛋白质分析领域已经工作了 25 年，亲眼见证了这个领域发生的翻天覆地的变化，近年来质谱技术取得了长足的进步，现在已经成为了蛋白质分析不可或缺的工具。”
现在，Peak Proteins 的科学家使用质谱已经成为每天日常工作的一部分，他们选择了 SCIEX 的质谱平台主要是因为其可靠性及操作简便性。
Rachel 谈到：
“
我们购买了一台 SCIEX X500B QTOF 系统用于蛋白质的分析，主要用于蛋白质分子量测定，确认蛋白质的氨基酸序列以及翻译后修饰的鉴定。这台仪器在蛋白质分析方面表现极为出色，也非常适合用于 QC 质控分析，实验人员可以在不同的工作流中（比如完整蛋白分子量测定或者肽图分析）自由切换，这些深入的分析方法能够给客户提供详尽的信息，这些信息能有助于确保我们提供的是正确的蛋白质并且这些蛋白可以满足后续的应用需求。对于外部的客户，我们也使用 X500B 系统这台仪器提供对外服务，我们相信在很多的方面都可以帮助到我们的客户，比如考察蛋白配体相互作用、抗体药物结构表征等方面，任何人有相关的蛋白质分析的需求都可以跟我们取得联系，我们也非常乐于跟客户一起探讨 X500B 系统这台质谱仪是否能满足他们的检测需求。
在 X500B 系统的前端我们配置的是 SCIEX ExionLC™ 系统，平常运行的是比较简单的甲酸流动相体系。这台液质联用系统配备了两根色谱柱，C4 色谱柱用于完整蛋白的分析，C18 色谱柱用于肽图分析，对于反相色谱分析，我使用的是同一套流动相体系，因此通过一个简单的阀切换的操作就可以方便的选择分析的方法。
对于我们来说购买一台 QTOF 系统是非常必要的，因为它能提供高辨率数据，这是蛋白质分析所必需的。仪器的操作流程也非常简便，当我需要运行仪器分析样品的时候，我只需要走到仪器前，选择我想要运行的方法，
”Rachel 继续说道：
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我们的样本分析通量取决于所接到的项目，某些时候每周我们需要运行 10 到 20 次完整蛋白分析，其它时候分析的样品数可能更多。我们通常每周运行 20 到 30 次肽图分析，而且这台仪器的分析通量可以更高。我通常的习惯是把两种分析方法同时编辑到样本队列中，样本可以过夜运行，这意味着第二天上班我就可以开始分析所有的数据，大大提高了工作效率，这套液质联用系统是蛋白质分析非常理想的工具。我之前设置过一个 36 小时的样本队列进行完整蛋白和肽图的分析，我们采集到了原始数据，最终数据结果也给常好。样本分析方法的切换也非常高效，完整蛋白质的分析只需要 5 分钟，肽图分析也可以在 10 分钟之内完成。
X500B 系统是理想匹配我们实验室的空间，这台仪器结构非常紧凑，这意味着我们不再需要一间专门的实验室用于放置仪器，我们这台质谱仪就放置在我们蛋白纯化实验室的一端，这也意味着我们公司的科学家都可以使用这台仪器。只需要 20 分钟我就可以教会我的同事使用这台仪器，现在他们不需要任何指导就可以进行完整蛋白的分析。这比传统的凝胶电泳分析方法更快也更简便，能获取的信息量也更为丰富。我之前使用过不同品牌的质谱仪，而 X500B 系统是性能可靠使用简便的仪器，而且它能提供非常准确和可靠的数据，我们可以非常自信的将分析结果提供给我们的客户。
”Rachel 总结道：
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我们使用 SCIEX 的 Bio Tool Kit 软件来进行完整蛋白分析的数据处理，我们可以快速的对原始数据进行去卷积处理进而获得蛋白质的分子量信息， Bio Tool Kit 软件的功能非常强大，是蛋白质分析不可或缺的工具。另外一个使用频率非常高的软件是BioPharmaView 软件，由于我们生产的都是具备独特序列或标签的定制化蛋白，有别于之前文献所报道的公开序列，BioPharmaView 软件在我们的数据分析中至关重要，它可以协助我们用肽图数据与定制化的序列进行比对，立刻就能告知客户样本是否存在问题， 例如，出现了我们没关注到的突变或者部分蛋白质发生降解。可靠性的 X500B 系统与 Biopharmaview 和Bio tool kit 软件的理想搭配为我们的蛋白质分析工作提供了无限可能。
”“可靠性的 X500B 系统与 Biopharmaview 和 Bio tool kit 软件的理想搭配为我们的蛋白质分析工作提供了无限可能。”
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