简便上手 | 利用Excel和小工具完成FC/p/VIP值计算

迈维代谢

2021.11.11

作者迈维代谢

TA的动态

差异代谢物筛选方式及利用Excel完成计算的方法

倍数变化法（FC值）

FC值定义及筛选标准

(1)定义：根据代谢物的相对定量或绝对定量结果，计算某个代谢物在两组间表达量的差异倍数（Fold Change），简称FC值；

(2)计算方式：A物质在对照组中的定量结果为1，在处理组中定量结果为3，那么此物质的FC值即为3；

(3)筛选标准：默认选择FC≥2/FC≤0.5，可调整为FC≥1.5/FC≤0.8或FC≥1.2/FC≤0.67。

使用Excel计算FC值

① 从结果Excel结果中复制出物质及对应的定量结果。

② 在每一组后面插入一列，计算每组的平均值，使用Excel中平均值函数“Avg”进行计算。

③ 对两组之间的平均值进行相除计算：例如A vs B，使用B average/A average进行相除得到的结果就是FC值。

T检验法（p值）

定义及筛选标准

(1)定义：又称student t检验（Student’s t test），是一种常用的假设检验方法；

(2)运算规则：首先必须要有假设，我们假设某个代谢物在A组和B组中含量没有差异（H0，零假设），然后基于此假设，通过t test计算出统计量t值和其对应的p值，如果p-Value<0.05，那么说明小概率事件出现了，我们应该拒绝零假设，即A组和B组的含量不一样，即有显著差异；

(3)筛选标准：默认选择p<0.05，可调整为p<0.01或p<0.001（更加严格）。

使用Excel计算p值

① Excel表格中选择“公式”后，选择“常用函数”，选择“TTEST”（如果没有该函数，可以选择“插入函数”进行查找即可）。

② 选择函数后，输入“第一组数值”、“第二组数值”、“尾数”、“类型”4个内容，

第一组数值：A组数据集（A组相对含量）

第二组数值：B组数据集（B组相对含量）

关于“尾数”和“类型”的选择

a.尾数：如何确定是“单尾”还是“双尾”

单尾：知道方向性，例如A变量已经大于B变量，但是不知道大多少；

双尾：不知道方向性（到底是A大于B还是B大于A）。

严格的统计分析来说要求双尾更多一些，有两组数据A和B，双尾显著性检验就是比较A和B有无显著性差异，单尾检验就是检验：A是否显著大于B或者B是否显著大于A，至于方向，一般是在假设的时候定，或者题目中的提问就有（请检验**是否显著大于/小于**）。

b.Type：如何确定类型

对于T检验时，当为双独立样本时，须先进行方差齐性判断，用FTEST()函数：P=FTEST()，直接看P是否<0.05或<0.01，判断显著性。当p<0.05或<0.01时，说明“两组数据的方差有统计学意义上的显著性差异”，即两个样本空间的方差“不齐”，这时T检验种的TYPE参数应取3。反之，说明“两组数据的方差无统计学意义上的显著性差异”，即两个样本空间的方差“齐”，这时，T检验中的TYPE参数应取2。

多变量分析【OPLS-DA法（VIP值）】

定义及筛选标准

(1)定义：OPLS-DA分析是一种具有监督模式识别的多元统计分析方法，能够有效的剔除与研究无关的影响从而筛选差异代谢物。OPLS-DA常用来做两组之间的对比，也可以用于三组对比，但是出具的图形会比较难看，所以一般建议使用两组进行对比来进行筛选。

(2)筛选标准：默认筛选VIP>1，少数情况下可进行调整为VIP>0.8.

云平台工具计算VIP值

① 准备好要进行计算的两组定量数据和样品信息表格，使用txt格式进行保存；

代谢物定量信息 txt

样品信息 txt

② 在云平台上选择工具“高级OPLS-DA分析”，将准备好的文件上传到云平台上，对于参数的调整包括三个部分：对数转换参数-可选择进行对数转换和不进行对数转换；归一化参数-“center”、“pareto”“standard”可以任选一种，目前默认的是“center”，公式为x - μ，该方法将原始数据转化成离原点更近的数据，调节代谢物浓度高低差异；Pareto公式为(x - μ) / sqrt(σ)，该方法更接近原始测量数据，但是对变化倍数大的变量更加敏感；standard：公式为(x - μ) / σ，该方法将消除不同代谢物浓度数量级的差别，使所有变量拥有同等的重要性，但是检测误差可能会变大。

③ 计算完成后即可下载对应的图以及相应的结果文件，也可以通过绘制工具对图形进行修改。

输出结果：

到此，我们筛选差异代谢物的三种方法就介绍完了，在选择其中两种进行筛选时，直接将数值汇总到一个表格中后，进行两步筛选即可。

① 筛选VIP>1的代谢物