色谱柱可选长一些，最好能够基线分离，若做不到，可以通过提取离子(XIC)来得到较好的色谱图。内径无要求，粗细均可，但注意应使流动相的流速与色谱柱的内径相匹配(一般，4.6mm 柱，流速1ml/min；3mm 柱，流速500ml/min；2.1mm 柱，流速200ml/min；1mm 柱，流速50ul/min 左右)。
流动相流量大小，MS 分析前是否需要分流，取决于使用的离子源。一般API2000/3000，流速高于600ml/min，需要分流；对于API3200/4000/5000，由于使用Turbo V 离子源，流速低于2ml/min 的情况，皆不需要分流。
对于高极性的化合物，如：大分子(蛋白质、肽类、低聚核苷酸等生物分子)、胺类、季铵盐等、含杂原子化合物如氨基甲酸酯等，适合ESI；弱极性/中等极性的小分子，如脂肪酸，邻苯二甲酸等；含杂原子化合物如氨基甲酸酯、脲等，适合APCI
不适合用ESI 方式的化合物：极端非极性化合物如苯等，不适合用APCI 方式的化合物：非挥发性、热稳定性差的样品
一般碱性化合物宜用正离子方式，酸性化合物宜用负离子方式，如未知，可能正负都要做，有些化合物正负都出峰，选择灵敏度高的方式，不明确的优先用正离子方式试
APPI，适合非极性化合物，同GC/MS 有重复，但一般小型台式GC/MS，分子量范围小，APPI 比GC/MS 可测比较高分子量的化合物。
1. 对于纯样品，首先可采用针泵直接进样，察看存在哪些离子，设置低的DP电压可使谱图简单。通过改变DP，观察离子的增减M+1、+18、+23、+39、2M+1 等等，初步判断分子量
2. 注意要采集一段时间的溶解样品的溶剂本底信息，DP 同实际样品相同，以便扣除本底干扰，可使用高、低DP 电压各做一次，例如20V、80V 等，一般低流速FIA 方式最适合
3. 注意，当样品溶液内含有强离子抑制物质时，直接进样可能看不到化合物的分子峰，此时需要经色谱柱分离或重新处理样品。
4. 选择一种通用的源参数及源位置，以适合样品中大部分化合物的分析，该参数的确定可按照定量方法中FIA 优化，通常主要取决于流动相有机溶剂比例和流速。
正离子方式常出现如下离子：
-Na 22 Da. higher than M+H
-K 38 Da. higher than M+H
-Li 6 Da. higher than M+H
-NH4 17 Da. higher than M+H
-ACN 40 Da. higher than M+H
有时还可能出现M+H2O+H、2M+H、3M+H、2M+Na 等
有意添加可以帮助确定化合物的分子量：例如有几个峰无法判断分子离子是哪个，此时加入微量Li+，有可能观察到增加6 的峰，而通常碎片峰很少加合。
负离子方式常出现如下离子：
-TFA 114 Da. higher than M-H (113、227 为背景离子)
-Acetate 60 Da. higher than M-H
-Formic 46 Da. higher than M-H
-Cl 36 Da. higher than M-H
LC-MS 中常见的本底离子：
1. m/z 50-150, 溶剂离子，[(H2O)nH+ ，n= 3-112]
2. m/z 102, H+乙腈+乙酸, C4H7NO2H+,102.0549
3. m/z 102, 三乙胺, (C2H5)3NH+,102.1283
4. m/z 149, 管路中邻苯二甲酸酯的酸酐，C8H4O3H+,149.0233
5. m/z 288, 2ml 离心管产生的特征离子
6. m/z 279, 管路中邻苯二甲酸二丁酯 C16H22O4H+, 279.1591
7. m/z 316, 2ml 离心管产生的特征离子
8. m/z 384, 样品瓶光稳定剂产生的离子
9. m/z 391, 管路中邻苯二甲酸二辛酯, C24H38O4H+, 391.2843
10. m/z 413, 邻苯二甲酸二辛酯+钠, C24H38O4Na+, 413.2668
11. m/z 538, 乙酸+氧 +铁（喷雾管）, Fe3O(O2CCH3)6, 537.8793
同位素离子
1. 各种元素的同位素，基本上按照其在自然界的丰度比出现在质谱中，这对于利用质谱确定化合物及碎片的元素组成有很大方便，如氯35 和37，溴79和81。
2. 同位素分布图，可用Analyst 中计算器(Calculator)功能模拟，对于分子量较大，含C 较多的分子，最高峰可能是C13 同位素峰，分析数据时要注意。
3. 利用稳定同位素合成标记化合物，如：氘等标记的化合物，再用质谱法检出这些化合物，在质谱图外貌上无变化，只是质量数的位移，从而说明化合物结构，反应历程等。
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