上期关于利用TCMSP数据库获取我们想要的信息介绍完了,本期我们一起来看下如何利用其他数据库获取成分靶点信息。
使用的网站:
SwissTargetPrediction(http://www.swisstargetprediction.ch/)
SwissTargetPrediction基于与已知化合物的二维和三维结构的相似性来预测化合物的靶标。
依然以三七为例:
经过OB≥30,DL≥0.18条件筛选之后,得到8个物质,以这8个物质为主要来进行预测;
①首先在TCMSP网站上获取这8个物质的InChIKey信息
②通过获得的InChIKey信息进入pubchem网站中获取SMILES信息;
③获得该信息后,进入SwissTargetPrediction网站获得预测结果;
④下载完成之后,针对所得到的结果进行筛选,以“Probability*”参数进行筛选;
⑤最终汇总所有关注的成分预测出的靶点。
Tips:
在pubchem上获得物质的SMILES信息可以通过多种检索方式(物种的英文名称、CAS号、分子量等),优先使用InChIKey信息进行检索。
由此方式获得的靶点可以与在TCMSP网站中的内容进行整合,最终获得成分的所有可能性靶点用于进一步分析。
本期关于利用swisstargetprediction来进行成分靶点的预测介绍到这边就结束了,下期我们再一起来看下如何利用疾病来进行相关靶点的预测。
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