前言
microRNA(miRNA)广泛存在于真核细胞中,是内源性的具有调控功能的非编码RNA。miRNA主要通过与靶基因结合起到调控作用,因此miRNA靶基因预测常用在miRNA的研究中。当前主流的miRNA靶基因预测软件有targetScan、TargetFinder和miRanda等。
miRanda靶基因预测官方未上线在线版本,欧易生物云平台团队开发上线了miRanda绘图工具,该工具在原始结果的基础上针对miRNA和靶基因关系进行了绘图,更加直观的显示miRNA与靶基因的结合信息,图片的美观程度可直接用于SCI文章的发表,加速无生信分析背景的老师进行miRNA靶基因预测。
具体步骤
miRanda绘图工具访问地址:(欧易云)
https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/array_miranda_plot/
miRanda绘图工具主要参数包括miRNA文件,target文件(lncRNA、circRNA、mRNA)。
miRNA文件和target文件均为fasta格式(*.fa或*.fasta):第一行以‘>’开头的序列id,第二行开始是碱基序列
常用参数包括:
(1)“energy”指结合位点的自由能阈值,默认为-10,自由能越小准确性越高;
(2)“score”指结合位点的分值阈值,默认为140,分值越大,准确性越高;
(3)“输出文件的名称”用于指定输出结果文件的文件名,默认为miranda。
提交任务运行成功后分析结果包含:
(1)结合位点图片;
(2)miRanda软件预测的原始文件miranda_raw.txt;
(3)汇总的结果表miranda_Result.csv
结合位点图片如下所示:
本期欧易生信云平台小工具介绍到到此就结束了,欢迎各位老师登陆云平台官网
https://cloud.oebiotech.cn/使用。
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排版人:小久
原创声明:本文由欧易生物(OEBIOTECH)学术团队报道,本文著作权归文章作者所有。欢迎个人转发及分享,未经作者的允许禁止转载。
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