分析测试百科网

搜索

分析测试百科网 > 行业资讯 > 微信文章

网络药理学 | 疾病靶点预测

迈维代谢
2022.11.11

5b4ca887793182144922389d2feba459.gif


前面两期我们介绍了如何利用TCMSP和SwissTargetPrediction进行成分对应的靶点筛选,获得到这些信息后,我们可以初步利用这些信息进行中药-成分-靶点进行网络图的绘制,当然我们也可以进一步通过疾病筛选对应的靶点来减少靶点的信息,以获得更加精细的预测结果,本期我们就一起来看一下如何利用中药饮片/复方治疗的疾病名称来进行靶点信息的获取。


本次疾病靶标的预测我们主要是使用3个网站进行,我们可以通过汇总这些网站中的信息来进行下一步的工作,也可以重点选择其中的一个网站获取的数据,目前使用的较多网站是GeneCards和DisGeNET。接下来让我们具体来看一下这3个网站都是如何获取我们所需要的信息的。


1.使用网站:

GeneCards(https://www.genecards.org/)


是一个全面的,综合的收集所有已知的或者预测人类基因的网站。它整合跟基因相关的基因组、转录组、蛋白质组、临床等相关信息,收集整理了超过100个网站的数据。


29920cdfe359a23a0a70ab571842dd17.png

Note!该网站下载需要注册,开放免费注册


8ba51f3d1845e274a172dfb01de85cd0.png


以肾病(nephrotic syndrome)为例进行分享


①在搜索框中输入“nephrotic syndrome”之后点击查询,以共出现1905个与该疾病相关的基因,点击“Export”按钮下载所有相关信息,下载格式可以选择为excel;


ac9b2fa76bfb32beb2d948d05758a16c.png


②完成下载后得到疾病对应的Gene Symbol信息,后续使用的较多的主要是“Gene Symbol、Description、Category”这三列。


ca46091dcd0d0abb8330e9fc44247fb2.png


列名释义:

Category:基因的分类,包括蛋白质编码基因(Protein Coding)、假基因(pseudogene)、非编码基因(ncRNA gene)、非编码区(Biological regions增强子、启动子等)、基因对(gene cluster  piwi-interacting RNA )等其他;


Gifts:GeneCards Inferred Functionality Scores


2.使用网站:

DisGeNET(https://www.disgenet.org/)


DisGeNET 是一个包含与人类疾病相关的最大的公开可用基因和变异集合的平台。当前版本的 DisGeNET (v7.0) 包含 1,134,942 个基因-疾病关联 (GDA),介于 21,671 个基因和 30,170 个疾病、病症、性状和临床或异常人类表型之间,以及 369,554 个变异疾病关联 (VDA),介于 194,515变异和 14,155 种疾病、性状和表型。


72d459ddb1639a7fbae17617d315c28c.png

Note!该网站下载需要注册,开放免费注册


同样也以肾病(nephrotic syndrome)为例进行分享


①点击主页上的“Search”按钮进入搜索主页面,在搜索栏中输入疾病名称“nephrotic syndrome”后进行查询;


fd29ede366db25dcf3fa34d4aa1bc3d7.png


②查询完成后点击“Summary of Gene-Dissease Associations”即可获得该疾病相关的基因,点击“Download”下载得到基因信息。


9c23bfb6436626f2667343009ca2095f.png
6878f95103bbdfd6f9f81cb7d5547736.png


3.使用网站:

OMIM(https://omim.org/)


OMIM 是一个全面的、权威的人类基因和遗传表型纲要,OMIM 中的全文引用概述包含所有已知孟德尔疾病和超过 16,000 个基因的信息。OMIM 侧重于表型和基因型之间的关系。


以肾病(nephrotic syndrome)为例进行分享


①在首页上点击“Gene Map”进入筛选页面;


92d5026b1aea6b61be9093b34e7d9afd.png


②在搜索框中填入相应的疾病名称,对检索出来的结果直接点击“Download”进行下载即可;


5c6f54fcf94d18f2cd56fc3fea9de625.png
ea184f93685771690d9b4b7d3276fe0d.png


获取我们所关注的疾病相关的靶点之后,我们可以通过迈维代谢云平台上的韦恩图小工具来进行分析,最终获得成分预测的靶点和疾病预测的靶点的交集,之后再进行下一步的分析。


本期关于疾病靶点的筛选我们就介绍完了,下期我们再一起来看一下,利用获取的靶点进行GO和KEGG通路富集的分析。


40d6766c77f7d90652e72478bcd63b16.gif

99%的代谢组学研究者都在阅读下文:

空间代谢组专题

迈维云2.0生信SCI

肠道菌群&微生物专题

蛋白专题合集

Biomarker专题合集

生信小工具实操教程


657ded59272348b2df4a04aca2596cf7.gif
76c970021a8da45ed13d130bbfa63174.jpeg

c65bc85ecb7abb494809b2ceee852e77.gif

客服微信:metware888

咨询电话:027-62433042

邮箱:support@metware.cn

网址:www.metware.cn

我就知道你“在看”

ce6672643e7f3df337cca18f212c6bcb.gif

发布需求
作者
头像
仪器推荐
文章推荐