背景知识介绍
各位老师们，大家好。说起如何优雅的展示复杂生物数据，那么一定少不了circos图。Martin Krzywinski 最早开发了Circos，他不仅是一名生物信息科学家，同时也是一位优秀的专业摄影师。科学与艺术的双重造诣使得 Circos 不仅具备完善的数据可视化功能，优美的展示方式也是Circos的一大特色。强大的功能，丰富展示方式虽是Circos相较于其他软件的优点，但也它的缺点，因为这使它比其他软件更难于上手。另外，软件没有的可视化操作界面，只能在DOS等命令窗口中以执行代码的形式作图。
为了解决大家的烦恼，我们对相关R包进行了二次开发，让大家在网页上点点点，就能画出优雅且漂亮的基因表达和弦图、物种丰度和弦图、富集圈图以及富集和弦图。
Circos工具操作步骤
通过传送门快速进入分析界面：
欧易集团云平台 (www.oebiotech.com)
01
基因表达和弦图
Step1:上传基因表达信息文件
支持txt、xls、xlsx、csv格式读取，方法选择基因表达和弦图。
（1）基因表达信息文件
第一列为基因名，第一行为样本名，值为基因表达量。
Step2:其他可选参数
1、图片格式
2、配色方案
3、字体类型
4、轨道距离
5、选择表达量top_n基因
…（还有很多，不一一列举）
Step3:点击运行
结果说明：基因表达和弦图。
分析成功后，网页会显示结果图片以及结果下载按钮，点击即可下载；左边为基因，右边为样本；和弦连接不同基因和样本，第二圈和弦底座表示不同样本（基因）在不同基因（样本）中的表达量比例。
02
物种丰度和弦图
Step1:上传文件
上传物种丰度文件，以及样本分组信息文件（可选），支持txt、xls、xlsx、csv格式读取，方法选择物种丰度和弦图。
（1）物种丰度文件
第一列为物种分类信息，第一行为样本名，值为物种在样本中的丰度。
（2） 样本分组信息文件（可选）
第一列为样本分析名，第二列为样本的分组名称，可在分组文件中挑选想要画图的样本，程序会自动用分组文件中的样本信息画图。
Step2:其他可选参数
1、图片格式
2、配色方案
3、字体类型
4、轨道距离
5、选择表达量top_n基因
…（还有很多，不一一列举）
Step3:点击运行
结果说明：物种丰度和弦图
分析成功后，网页会显示结果图片以及结果下载按钮，点击即可下载；左边为物种信息，右边为样本。第一圈为分组圈，左边读取物种门级别信息作为分组，右边根据分组文件给样本分组；第二圈为主轨道左边为物种，右边为样本（若无分组文件，则此圈作为最外圈）；最内圈和弦底座圈显示不同样本（物种）在不同物种（样本）中的丰度比例，和弦连接不同物种和样本。
03
富集圈图
Step1:上传文件
上传富集信息文件文件，以及差异比较文件（可选），支持txt、xls、xlsx、csv格式读取，方法选择富集圈图。
（1）富集信息文件文件
文件格式来自欧易报告文件。
（2）差异比较文件（可选）
文件格式来自欧易报告文件。
Step2:其他可选参数
1、图片格式；
2、配色方案；
3、字体类型；
4、轨道距离；
5、选择表达量top_n基因；
…（还有很多，不一一列举）
Step3:点击运行
结果说明：富集圈图。
第一圈为富集通路，标签显示通路id，颜色表示不同系统，宽度为通路总的基因数；第二圈为富集到各通路的基因数，颜色为p值渐变，与第一圈比较即为占比情况；第三圈为各通路上下调基因数及占比（根据差异比较文件得出）；第四圈为各通路富集分数。
03
富集和弦图
Step1:上传文件
上传差异比较文件，支持txt、xls、xlsx、csv格式读取，方法选择富集和弦图。
（1）差异比较文件
文件格式来自欧易报告文件。
Step2:其他可选参数
1、图片格式
2、配色方案
3、字体类型
4、轨道距离
…（还有很多，不一一列举）
Step3:点击运行
结果说明：富集和弦图。
左边为基因，右边为通路；和弦连接基因与对应富集到的通路；基因的颜色是由logFC值生成的渐变色；图例太多影响显示效果，所以对于大于10个通路只截取10个图例。
Go富集和弦图
（图例只选取了10个通路）
Kegg富集和弦图
常见Q&A
1、基因表达文件（主要参数文件1），适用于：基因表达和弦图。不需要样本分组文件。
2、物种丰度文件（主要参数文件1）和样本分组文件（可选参数文件2），适用于：物种丰度和弦图。可在分组文件中挑选想要画图的样本。程序会自动用分组文件中的样本信息画图。
3、富集信息文件（主要参数文件1）和差异比较文件（可选参数文件2），适用于：富集圈图。文件格式来自欧易报告文件。
4、另外差异比较文件（主要参数文件1），适用于：富集和弦图。文件格式来自欧易报告文件。
5、配色1是基因表达和弦图和物种丰度和弦图的默认配色。
6、配色2是富集圈图和富集和弦图的默认配色。
7、自动配色会分别选择默认配色。
本次欧易云circos小工具推荐到此结束啦，欢迎各位使用并提供反馈，我们会持续更新，竭诚为您提供最优质的服务。
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排版人：小久
原创声明：本文由欧易生物(OEBIOTECH)学术团队报道，本文著作权归文章作者所有。欢迎个人转发及分享，未经作者的允许禁止转载。
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