蛋白质互作网络（Protein-Protein Interaction Networks，PPI）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。
云工具跳转链接:
https://cloud.oebiotech.com/task/detail/ppi/（
功能介绍
本工具旨在绘制蛋白/基因互作网络图，以目标蛋白/基因列表及该物种所有蛋白/对应基因间可能存在的两两互作关系列表后作为输入文件，通过环形网络的形式直观展示一组蛋白/基因中连接度较高的蛋白/基因之间的相互作用关系。若带有表达量变化信息，还可以不同颜色区分上下调信息。使用本工具来进行PPI绘图，只需上传整理好的数据，片刻后便会得到专业美观的PPI图，下面就让我们一起来学习一下怎么使用吧！
数据准备
您需要按照相应格式来处理数据整理出如下文件：
01
蛋白节点文件
第1列为蛋白ID，第2列为对应基因名，第3列为对应蛋白表达水平变化（其中第2、3列数据为可选）。该文件需包含表头"Accession"、"Gene Name"、"FC"，请注意列名的首字母大写。
图1 | 蛋白节点文件格式示例
02
蛋白连接度文件
第1，2列分别为两种蛋白的ID，第3列为两者之间的分数。需包含表头"node1"、"node2"、"combined_score"。
图2 | 蛋白连接度文件格式示例
作图步骤
01
准备工作
请于上传文件前根据上方的“作图步骤”或云工具页面的“使用说明”的示例文件格式来进行数据文件的准备。
02
主要参数
图3 | 主要参数
03
主要参数详解
①请于主要参数中的输入文件1、输入文件2处上传您所要进行分析的文件，此项为必填参数。当在“选择文件”后出现上传的文件名时说明上传已经成功。
图4 | 文件上传成功示例
②任务命名：对结果进行命名用于区分不同的任务，默认为当前工具名称_结果创建时间，在历史记录的注释处可见，可接受默认或自行输入。
04
常用参数
图5 | 常用参数
05
常用参数详解
常用参数中可以对生成图例的风格进行修改，您可以按个人喜好调整图例的上调颜色、下调颜色、表达量变化、节点大小、字体以及字体的大小。
06
最终提交
文件上传成功后
如图所示区域：
图6 | 工具预估耗时提示处
结果分析
01
结果下载
分析结果保存6个月，请注意及时下载保存，
02
结果说明
（图片为使用示例文件及其他参数保持默认时的结果）
PPI图是工具根据连接度排名前25的节点，分别用蛋白ID和基因名进行绘制而成的网络图。图中圆圈表示差异蛋白/基因，默认为红色的圆圈代表上调蛋白/基因，默认颜色为绿色的圆圈代表了下调蛋白/基因；如果蛋白节点文件中没有蛋白表达水平FC值，则会呈现为灰色。圆圈的大小代表着连接度的高低，如果圆圈越大则表示连接度越高。
图7 | PPI_network图示例
图8 | gene_network图示例
历史记录
图9 | 历史记录示例
常见Q&A
请问对上传文件的格式有什么要求呢？
您好，首先感谢您的咨询。要着重注意上传的两个文件的表头，如"Accession","Gene Name","FC","nood1","nood2"，
"combined_score"这些，必须与示例文件保持一致，区分大小写。
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