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探“云”指南 | 组内合并Venn图

创新多组学技术服务
2023.7.04

通过组内合并Venn图,可以清晰地展示每个组别的共同和独特元素,并且可以轻松地识别共同元素的数量和重叠区域的大小。此外,组内合并Venn图也可以帮助研究人员确定哪些元素是不同组别之间的特定标记,从而更好地理解它们在不同组别中的功能和作用。

功能介绍

本工具用于绘制组内Venn图。Venn图是一种用于直观表示元素集合重叠的一种图形,在生物信息学领域常用于展示样品不同分组间共有和特有的物种,OTU,基因,分类单元等。

文件要求

01

丰度文件

表格第一列信息作为该表格的元素的集合,且不可重复(如OTU id,门水平物种,纲水平物种,目水平物种,科水平物种,属水平物种,种水平物种,探针,转录本,基因名称)

请您注意:名称需提前去重,重复会导致运行错误

如下表第一列为OTU id,其余各列为样本名称,对应数值为各样本中的OTU丰度。

图1 | 丰度文件格式示例

02

样本分组信息文件

第一列为样本分析名,与丰度文件中的样本分析名一致,第二列为分组名称,需要剔除的样本不需要填写分组名。

图2 | 样本分组信息文件格式示例

参数调整

01

主要参数

图3 | 主要参数

02

常用参数

图4 | 常用参数

作图步骤

01

准备工作

请于上传文件前首先查看“重要提示”的提示信息以及“使用说明”中的示例文件格式,根据提示进行文件准备。

02

主要参数设置

①请于主要参数中的丰度文件、样本分组信息文件处上传您所要进行分析的文件,为必填参数。在“选择文件”后显示上传的文件名说明上传成功。

此处为上传成功示例:

图5 | 文件上传成功示例

②任务命名:对结果进行命名用于区分不同的任务,默认为当前工具名称_结果创建日期时间,在历史记录的注释处可见,可接受默认或自行输入。

03

常用参数设置

①颜色方案、字体、图形字体大小、图例字体大小:可接受默认或按需填写。

04

最终提交

文件上传成功后

如图所示区域:

图6 | 工具预估耗时提示处

结果分析

(图片为使用示例文件及其他参数保持默认时的结果)

01

结果展示及下载

分析结果保存6个月,请注意及时下载保存,

图7 | 结果展示处

结果文件内容示例:

图8 | 结果文件夹内容

02

结果说明

三种颜色的圈重叠部分中的数字1036代表A,B和C三组共有的元素个数;

蓝色和绿色的圈重叠部分中的数字167代表A和B共有的元素个数;

119代表A组特有的元素个数。

图9 | Venn图示例

历史记录

图10 | 历史记录示例

常见Q&A

请问该小工具对数据集中组别数量有要求吗?

您好,首先感谢您的咨询。本工具用于组内生物学重复合并做Venn分析,适用于组别为5组及以下数据集。

请问想要剔除部分样本怎么做?

您好,首先感谢您的咨询。想要剔除部分样本的话,上传的样本分组信息文件中待剔除的样本就不要填写分组名,合并后的数据集名字还为原来的组名,合并算法为组内取平均。

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