自带“定身诀”——10×Genomics Single Cell Gene Expression Flex 技术服务正式推出

创新多组学技术服务

2022.12.22

作者欧易生物

TA的动态

选取新鲜样本尽快解离上机无疑是单细胞转录组测序中最为“纠结”的问题，因为现实中科研工作者不得不面临以下的问题：

临床肿瘤样本尚不知病理诊断结果
不同时间点、地点取样，多次上机，担心批次效应
血液样本，流式分选样本，临时预约，当天上机，急急急！
大量珍贵的FFPE样本在单细胞转录组测序领域毫无用武之地

问题再多总有解决的办法，迅速锁定并保持细胞状态的“定身诀”来了！欧易生物正式推出 10× Genomics Single Cell Gene Expression Flex单细胞转录组测序技术（以下简称FLEX），采用4%的多聚甲醛（PFA）对细胞进行固定，一步锁定RNA表达状态，解决了样本储存、多样本批次处理的问题，而且还配备更加实惠的混样测序整体解决方案，并同时解锁FFPE样本的单细胞转录组测序功能！

定身诀——“PFA固定细胞，摆脱时间限制

4％的PFA溶液是免疫组织化学和培养细胞固定中最常用的固定液之一，它能较好的保护组织和细胞的形态结构以及核酸状态。新鲜组织解离成高活性的单细胞悬液，通过PFA固定细胞，便于在一定时间内储存和运输，不必再争分夺秒，担心细胞活性。

图1 PFA固定RNA的表达状态示意图（图片引自10x Genomics官方）

以人PBMC样本为例，比较固定后立即开展后续实验，以及4°C存储1周，-20℃/-80°C存储1，3，6个月几种情况，开展单细胞测序及基因表达分析，主要细胞类型不受时间变化的影响，表明PFA固定能够锁定细胞的生物学状态，实现便捷地运输和存储，从而缓解单细胞实验的对新鲜样本相对苛刻的条件限制。

图2 PBMC样本固定细胞的存储稳定性（图片引自10x Genomics官方）

（二）混样测序——降低成本、提升效率

有别于新鲜解离单细胞转录组测序基于poly A捕获的方法，RNA固定处理的样本（含FFPE样本）采用的是利用探针杂交捕获基因的方法（如图3中所示，LHS和RHS类似左右2个抓手，双双结合可增强特异性）。FLEX配套的杂交探针包含区分样本来源的Probe Barcode，每个样本与不同的探针进行杂交，使每个样本带上特有的Probe Barcode，数据分析时可通过识别不同的Barcode将不同样本来源的Reads区分开来。FLEX配套芯片有8个通道，每个通道最多可以混16个样本。目前FLEX方案仅可应用于人和小鼠样本，探针可覆盖的基因数分别为18000个（人）和19000个（小鼠）。

图3 FLEX方案的探针杂交示意图

FLEX为样本管理和处理提供高效简化的工作流程

图4 10× Genomics Single Cell Gene Expression Flex工作流程（图片引自10x Genomics官方）

细胞在固定和透化后可安全地储存或运输，并且不会影响数据质量。一旦准备好继续操作，将样本与探针组杂交，之后上机形成GEMs，可单个通道运行一个样本（单样分析流程），或单个通道中最多混合16个样本（混样分析流程）。在GEM中，探针与mRNA配对结合、连接并延伸。制备测序文库并开展测序（推荐测序数据量至少为10K reads pairs/cell），然后使用10x Genomics的Cell Ranger和Loupe Browser软件工具进行分析。

FFPE样本检测，打破仅新鲜样本进行单细胞转录组测序的局限性

过往单细胞转录组测序仅限新鲜样本（单细胞测序）或新鲜冻存样本（单细胞核测序）的检测，样本库中大量珍贵的FFPE样本没有用武之地。现在通过脱蜡和酶消化结合的方法将其制备成悬液，采用FLEX配套试剂，即可进行FFPE样本的单细胞转录组测序并进一步进行各种细胞类型分析。该技术与目前同时开展的10× Visium CytAssist FFPE空间转录组测序技术强强联合，必将打开FFPE样本联合分析的新格局。