近年来“功能代谢组学”一直是代谢组学研究的热门领域,了解代谢物的作用和功能对于理解化学、生物化学、分子生物学和生物学的许多领域至关重要。
一方面,代谢物在信号传导、通讯、能量产生、新陈代谢、分解代谢和合成代谢中发挥着关键作用,包括大分子(DNA、RNA、蛋白质、脂质)、细胞和组织的组装和合成等;
另一方面,代谢物的应用广泛,代谢物或者合成化合物不仅可以用作药物、毒药、营养素、生物标志物和废物,还可用作调味剂、气味剂、着色剂、驱虫剂、催化剂、缓冲剂、稳定剂、抗氧化剂和絮凝剂等多种功能。同样,了解食品、化妆品、药物、环境和我们自己身体中化学物质的来源,以及它们如何影响我们自己和其他生物体,对生命科学研究者有重要意义。
然而,关于代谢物的功能效应、生物过程、作用或来源的信息,目前还鲜有网站提供,这意味着代谢物相关大量重要的生化知识难以访问。出于此目的,鹿明生物推出了国内首个功能代谢组学网站平台Functional Metabolomics (FunMeta),可以通过链接 http://funmeta.oebiotech.cn/ 快速访问,目前完全开放,无需登陆!
FunMeta致力于快速发现和探索功能代谢组学信息,当前版本1.0从KEGG, HMDB, LipidMaps, Metlin, PubChem 等权威资源整合了50W+条代谢物记录,包括通路、疾病、功能、OMIM、位置和酶等信息。同时,网站内嵌了国际疾病分类系统 ICD11 来查看疾病的分类及详细信息,还提供了多种快速检索和代谢物-疾病网络分析工具。
FunMeta1.0中主要包括六个功能模块:
(1) Pathway 代谢物相关的代谢通路
(2) Disease 代谢物相关的疾病
(3) Ontology 代谢物的功能,生理效应
(4) Enzyme 代谢物相关的酶
(5) Location 代谢物存在于生物体的位置
(6) OMIM 代谢物关联的OMIM链接
FunMeta的三大搜索引擎和分析模块
FunMeta当前支持从不同方面切入代谢功能网络,目前包括代谢物、通路和疾病:
(1) 代谢物搜索:支持以代谢物的名称、分子式以及公共库的ID作为输入,来切入代谢功能网络
(2) 通路搜索:支持以通路名称和通路ID作为输入,检索通路相关的代谢物、酶、药物和参考文献等
(3) 疾病搜索:以疾病名称作为输入,检索疾病相关的疾病分类、代谢物、文献和生理效应等。
(4) 代谢物-疾病互作网络分析:支持差异代谢物列表作为输入,来生成与疾病的相互作用网络,发现核心节点
http://funmeta.oebiotech.cn/
通过输入化合物名、分子式、SMILES、InChI、InChIKey等方式以及KEGG, HMDB, LipidMaps, Metlin, PubChem的ID编号来搜索化合物。
以代谢物Sphingosine-1-Phosphate为例,进入后的页面如下图。页面左边部分为代谢物的信息,包含代谢物名称和标识符、结构和属性、化学分类、描述信息等。页面右边部分为代谢物的功能网络,同时点击右边部分网络节点(疾病、酶、通路、功能、亚细胞定位信息等),点击后可查看对应信息。
右侧网络图展示代谢物的关联信息,Graph图上的每个节点都是可点击的,这里以点击通路为例,跳转到以下页面:
代谢物相关功能网络中的其他功能模块,包括疾病、功能、酶、位置和OMIM,类似于通路模块,提供了便捷的详情链接和外部超链接,详情页如下:
代谢物关联的疾病信息
代谢物关联的功能信息
代谢物关联的酶信息
代谢物关联的位置信息
代谢物关联的OMIM信息
http://funmeta.oebiotech.cn/metDiseaseNetworkAnalysis
在化合物ID类型一栏,可以选择搜索的识别符,支持HMDB ID、KEGG ID(KEGG compound编号,即C number)、PubChem ID、Comound Name、cid查询。注:对于没有其它ID注释的,建议可以使用注释更全的cid编号(鹿明自建FunMeta库)查询。
例如想查询以下20个化合物的疾病网络,将HMDB ID输入搜索框,点击search -> Network Analysis!
输入差异代谢物id页面
查询到的代谢物信息页面
网络分析结果页面
支持核心网络高亮突出显示
其中红色的圆圈代表代谢物,蓝色的方形代表疾病,节点的大小由degree决定。除此之外,网络中的代谢物和疾病节点都是可点击的,能快速跳转到其详情页面。
引人国际疾病分类系统,用于快速检索和查看疾病的分类和详细信息。
以上是功能代谢网站FunMeta v1.0版本的主要内容,具体的分析和功能还请感兴趣的小伙伴自行探索,当然如果有任何问题或建议,请通过公众号或添加微信:17317724501 为您安排专业人员解答哦!未来,我们将对FunMeta进一步更新,已提供更全面、更有价值的功能和服务。
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文末看点|lumingbio
上海鹿明生物科技有限公司是欧易生物旗下从事蛋白质组及代谢组质谱检测的专业质谱组学服务公司。公司建有空间代谢组商业服务平台,深耕质谱组学检测分析,具体包括空间代谢组、双平台代谢组、靶向代谢组、TMT标记定量蛋白组、翻译后修饰蛋白组、4D-DIA蛋白组、单细胞及超微量蛋白组、空间蛋白组等。创新质谱组学平台广泛应用于机制解析、分型诊断、标志物筛选、药靶发掘等多个领域。公司并先后获得高新技术企业、上海市专精特新企业并建有院士专家工作站,自有包括tims tof pro2在内的各类大型质谱近二十台套,年服务项目超2000项。鹿明生物协助合作伙伴发表SCI论文近千篇,成功打造以硬数据、好服务为基础,以空间代谢组为特色的质谱组学检测服务公司品牌。
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TaoJay 撰文
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