染色体免疫共沉淀技术(ChIP, chromatin immunoprecipitation)是一种用于研究蛋白质与DNA的体内相互作用的经典实验技术。ChIP-seq采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀,由此可以把目的蛋白所结合的基因组DNA片段也富集下来。通过与高通量测序技术的结合,对ChIP后的DNA产物进行测序分析,从全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析,以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。
技术流程
技术优势
用于在全基因组范围内研究蛋白特异结合的DNA片段
组蛋白修饰和表观遗传修饰的技术,研究这三个主题有助于洞悉蛋白
对基因表达的调控以及染色体的功能结构
具有“覆盖全,周期快,分析科学”的优势
已广泛应用于人、小鼠、酵母、水稻、拟南芥等物种的研究
送样要求
DNA总量≥50ng,浓度≥10ng/μl,无降解,无粘稠/颜色异常,无RNA/蛋白质污染;
使用无DNase管,标记清晰,样品-80℃保存,干冰寄送。
分析示例
基因组测序深度累积分布图
基因及上下游测序深度分布图
peak基因功能元件分布图
peak相关基因的GO/KEGG富集分析
peak及上下游reads表达水平热图