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RNA提取与纯化

2019.4.23
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184****5725

致力于为分析测试行业奉献终身

实验概要

掌握RNA提取的基本技术,了解RNA提取过程中的各种注意事项。

实验原理

RNA提取是分子生物学实验中难度较大的实验技术。
 

RNA提取和DNA提取有类似的地方,因为它们都是核酸,都具有较好的水溶性。提取RNA首先破碎细胞,然后用提取液将RNA溶出,反复抽提去除蛋白质,加入乙醇沉淀RNA,将RNA沉淀溶解备用。那么如何区分DNA和RNA分开?DNA和RNA的溶解性不同,DNA在1M的盐溶液中具有最好的溶解度,而RNA在0.14M的盐溶液中具有最好的溶解度,所以可以利用它们的溶解性将它们进行区分。另外,RNA的分子量一般比较小,而DNA分子很大且和蛋白结合成复合体,所以DNA更容易随蛋白沉淀,而RNA具有较好的溶解性。
 

RNA提取的另一个关键问题就是如何抑制或去除环境中RNA酶。所有的玻璃、陶瓷和铁器具在180℃×6 h以上。所有的塑料器皿用0.1%的DEPC水37℃过夜浸泡,然后湿热灭菌80℃烘干备用。配制溶液所需的水也要用DEPC处理过的水,而配置Tris相关的缓冲液时Tris会与DEPC发生反应,应避免用DEPC处理。另外操作过程中应戴手套。
 

判断RNA 的质量主要有两个标准,一是纯度,二是完整性(是否被降解)。RNA的纯度可以通过分光光度计进行测定的A260/A280值来判断。RNA的完整性主要通过电泳分析来阐明,未降解的总RNA电泳时在凝胶中会出现18S和28SrRNA对应的条带(如果有DNA污染则在RNA后会发现基因组DNA对应的条带)。RNA电泳系统也要严格对RNA酶进行处理。如果用普通琼脂糖凝胶电泳,则用尽量减少电泳时间。

 

主要试剂

1、暗培养7天的小麦苗,用前光照诱导3 h

2、DEPC

3、DEPC处理的ddH2O

4、RNA提取液:(每1000毫升中含有) 

    Tris   6.06 克   (最终浓度为50 mM )

      LiCl  6.03 克 (LiCl -H2O 9.06克)(最终浓度为150 mM )

      EDTA(0.5 M)  10 毫升   (最终浓度为5 mM )

      SDS             50 克(最终浓度为5 % )

5、8 MLi Cl:33.92克Li Cl 溶于100 ml DEPC处理的ddH2O

6、水饱和酚

7、氯仿

8、0.5M NaCl

9、溴乙啶(EB): 10mg/ml溴乙啶。 注意:该试剂具致癌作用,用时要小心。

10、点样缓冲液Loading buffer(10×):0.25%溴酚蓝,40%甘油。

 

主要设备

1、分光光度计

2、电泳仪

3、台式离心机

4、手提式紫外监测仪

5、恒温水浴

6、凝胶成像系统

 

实验材料

暗培养7天的小麦苗,用前光照诱导3 h

实验步骤

1、取植物叶片1-3克,放在液氮中磨成粉末。(可以多研磨一些,然后分装,小量提取试剂量可减至1/10)

2、液氮挥发完之前,倒入含有10 毫升RNA提取液的离心管中,迅速反复倒置混匀,直至看不见任何团状物为止。

3、立即加入10毫升的等体积(酸性)酚/氯仿,剧烈(!)反复倒置混匀5至10min(如在震荡器上震荡,要确保混匀而不能仅仅是振动!)。

4、13000g×5min,吸管取上清(注意避免吸取界面上的蛋白)。

5、重复步骤3和4,三次左右(注意观察界面上白色物质)。

6、取上清,加入等体积的氯仿,反复倒置混匀2-5min。

7、13000g×5min。

8、取上清,加入1/3体积8 M 的 LiCl (即8 M LiCl应占最后体积的25%), 沉淀RNA,4℃过夜。

9、离心13000g × 10 min。

10、弃上清,保留沉淀(此时应把RNA沉淀转入Eppendorf管中,以便于操作), 加入70%无水乙醇 30% 0.5 M NaCl 的混合液0.5 毫升洗涤沉淀数分钟(和缓地反复倒置混匀),离心 (13000g × 2 min)。重复洗涤沉淀数次。

11、用70%乙醇再洗涤2次沉淀,去掉盐离子。

12、用枪头吸去残留的液体,真空干燥2min。

13、加入200 ul DEPC 处理过的水溶解RNA。

14、取用5 ul电泳检测RNA完整性,  用TEB 缓冲液, 200V× 20-30min。

15、取5 ul稀释40倍测定RNA纯度和浓度,A260 nm /A280 nm应在 2.0 左右。

16、将RNA 分装,放在-70℃长期保存备用.

 

注意事项

辅助方案:试剂盒提取法(Trizol)

(一)试剂:

    1.Ttizol Reagent 

2.氯仿

3.异丙醇

4.70%无水乙醇

5.DEPC  

(二)器材:

1、研钵

2、离心机

(三)实验步骤

1、称取小麦叶片50-100mg,于研钵中加液氮研磨成粉末,迅速转移到1.5ml离心管中。

2、加入1 ml Trizol  Reagent,15~30℃×5min。  

3、加入0.2ml氯仿,剧烈振荡15 sec,15~30℃×3min。

4、冷冻离心12 000 rpm×15min。

5、将上清液转移到另一个离心管中,加0.5ml预冷异丙醇,混匀 ,-20℃放置20min。

6、冷冻离心12 000 rpm×10min。

7、加入0.5ml 70% 乙醇洗RNA沉淀,悬浮,7500 rpm×2min,除去乙醇。

8、加入30 ul DEPC 处理过的ddH2O溶解RNA。


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