萃取溶剂
萃取溶剂 、萃取功率和萃取时间等是影响微波萃取效率的主要工艺参数。萃取溶剂的选择对萃取结果的影响至关重要。微波萃取中首先要求溶剂必须有一定的极性，以吸收微波能进行内部加热；其次，所选溶剂对目标萃取物必须具有较强的溶解能力； 此外，还需考虑溶剂的沸点及其对后续测定的干扰。
溶剂的极性对于萃取率影响很大。 ①用于微波萃取的溶剂有：甲醇、丙酮 、二氯甲烷、正己烷 、苯和甲苯等有机溶剂 ；②硝酸、盐酸 、氢氟酸等无机试剂；③己烷-丙酮、二氯甲烷-甲醇和水-甲苯等混合溶剂。如用正己烷作溶剂，从薄荷和大蒜等生物物料中微波萃取精油；用正己烷- 酮 (1:1) 混合溶剂从土壤和沉积物中提取多环芳烃等有机污染物。
物料中的水分或湿度
物料的含水量对回收率影响也很大。水是极性分子，因此物料中含有水分才能有效吸收微波能产生温度差。若物料不含水分，就要采取物料再湿的方法，使其具有足够的水分 。也可选用部分吸收微波能的半透明溶剂浸渍物料，置于微波场中进行辐射加热的同时发生萃取作用。有研究表明，以异辛烷为萃取剂分离沉积物中的杀虫剂时，样品水分为15%时微波萃取效率zui高。
萃取温度
在微波密闭容器中，由于内部压力达到十几个大气压，使得溶剂沸点比常压下要高。因此，用微波萃取可以达到常压下使用相同溶剂所达不到的萃取温度，从而提高萃取效率，但又不至于分解待测萃取物 。萃取率随温度升高而增大的趋势仅表现在不太高的温度范围内，且各物质的zui佳萃取温度也不同 。
萃取时间
微波萃取时间与被测物样品量、溶剂体积和加热功率有关。一般情况下，萃取时间在10～15 min内 。在萃取过程中，一般加热1～2 min 即可达到所要求的萃取温度 。有研究结果显示，萃取率随萃取时间延长而有所提高，但提高幅度不大，可忽略不计。
溶液的pH值
溶液的pH也会对微波萃取率产生一定的影响。针对不同样品，溶液有一个zui佳的用于萃取的酸碱度。从土壤中萃取除草剂三嗪时分别用NaOH、NH3-NH4Cl、HAc、NaAc和HCl调节溶剂pH值，发现当溶剂的pH值介于4.7～9.8时，除草剂三嗪的回收率zui高。
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