反相高效液相色谱和质谱（MS）的联用为蛋白质/多肽分析提供了强大的工具。
20世纪80年代，约翰·贝内特·芬恩和他的同事们开发了电喷雾离子源，使质谱与反相高效液相色谱得以联用。
采用液相色谱-质谱联用的好处包括：
质谱是非常灵敏的检测技术。
质谱可以提供所分离多肽/蛋白质的分子量。
质谱可利用分子量特异性检测蛋白质。
片段信息有助于确认多肽。
质谱基于电荷和质量进行分离和测定，因此，与基于疏水性分离的反相色谱“正交”。
高效液相色谱-质谱联用广泛用于肽图的分析，提供了一种正交检测肽法（参考文献15）。
如图26所示，总离子质量色谱图与紫外色谱图相似，但由于正交检测的使用，峰的大小不同。
事实上，采用紫外检测出现的小峰在质谱图中会更明显（见图26“*”）。
图26. 肽图的分离可以通过紫外检测和质谱检测来监测。
峰高是检测法的一个函数，在紫外图谱和质谱图谱间有明显不同。
特别是用“*”标示的肽对。它们在UV检测图谱中显示的峰值较小，但在质谱图中峰值较大。
通过测定每个峰中肽的分子量，质谱分析法为识别RP-HPLC法分离的峰提供了有用的信息。
由于质谱与反相高效液相色谱正交，因此质谱还能确定峰纯度或显示两种或两种以上肽的共洗脱，并能提供肽的分子量。
图27以肽图中的三个峰值展示了这一点。A峰较早洗脱出来，是分子量为439道尔顿的四肽。B峰是一种糖肽，有寡糖或多聚糖吸附。
通过质谱图中B峰存在质荷比为204和366两种离子确定，这表明存在糖基化反应。
C峰是一种二硫化物连接的二肽——由二硫键连接的两个多肽。
显示该肽有四种离子形式：+1、+2、+3和+4。只有含两个氨基末端和两个碱性氨基酸的二肽才会出现+4离子。
图27. 反相色谱强大的分离能力与第二个维度的质谱的结合为肽图提供了大量的信息。
A. MS确认A峰代表小分子肽。
B. 检测到的B峰代表含多聚糖（糖）的肽。
C. C峰代表一种二肽——由二硫键连接的两个肽。
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