【前言】
从本期起，小编将带领大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com/）来做一系列计算“文章”。这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果，看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6，是典型的“实验+计算”模式，比较接近大多数科研人员的研究现状，只要熟悉这种模式，稍加努力即可发表同等水平的论文。
【研究背景】
文献作者通过细胞MTT试验从8000多个小分子中发现了一个新型的抗流感病毒化合物D715-2441。进一步实验发现，它对流感A病毒多种亚型（H1N1、H5N1、H7N9、H3N2、临床分离株690（H3）和带H274Y NA变异的奥司他韦抗性株）均有抗病毒活性，能够抑制病毒复制的早期阶段。更重要的是，D715-2441明显抑制病毒聚合酶的活性，并且直接影响PB2蛋白的定位。结合亲和力分析明确了该化合物特异性结合在PB2cap蛋白上。为了阐明抑制剂D715-2441的作用机理，文献作者采用DOCK 6分子对接技术分析其结合模式。
【计算步骤】
简单来说，分子对接的计算步骤包括4步：
1、 准备配体（小分子）和受体（生物大分子，比如蛋白）结构；
2、 定义对接口袋；
3、 进行对接计算；
4、 分析对接结果（打分与结合模式分析）。
下面，小编图文并茂地教大家使用殷赋云计算平台的DOCK6方案来完成对接计算与分析。本教程不打算详尽地讲解每一个操作步骤，仅将大体过程和关键要点讲清楚。但讲了很多值得注意的细节，这是一般教程上看不到的经验之谈。读者如果对本平台操作不是很熟悉，请翻看相应教程（分子对接结合模式预测教程）。
1、 前期准备工作
分子对接计算需要准备配体小分子和受体蛋白的三维结构。配体结构通常小而简单，可用软件构建，但蛋白结构大且复杂，通常采用实验解析的结构，可从RCSB 蛋白数据库下载。本工作用到的PB2cap蛋白PDB编号是4CB4，请自行登录网址https://www.rcsb.org/structure/4CB4下载（4cb4.pdb文件）。
2、 创建项目和任务
登录平台，创建项目，填写内容。“简略备注”和“详细描述”是给你自己看的，可不填，但填写备忘是个值得鼓励的好习惯。然后，选择计算方案或工具。在这里，我们选择跟文献同款的Dock6（结合模式预测）方案。之后，填写任务内容。
3、 准备配体分子
平台为准备配体分子提供了多种输入方式，最简单的莫过于在线画结构（绘制小分子）。在画板上画出D715-2441的化学结构，并填上分子名称（不要有中文、空格、特殊符号或除英文字母外的其他语言文字！）和点击添加按钮。
输入的分子需要经过处理才能用于对接，其中包括：添加氢原子、添加电荷、生成3D结构和能量最小化。平台已对大多数情况进行优化设计，因此，采用默认设置即可。
值得注意的是：1、MMFF94力场是目前针对有机小分子最好的力场之一，也包括一些金属元素[2]，但并非化学元素周期表全部元素都支持，必要时请使用UFF力场；2、电荷和能量优化使用的力场最好一致。
点击准备按钮。
我们从视图中看到经过处理的配体结构。尽管平台已经做得很好，但人工检查仍是必要的。请根据你的化学知识，仔细检查结构是否正确，比如价键是否平衡、结构是否无扭曲、构型是否正确。确定无问题后，点击确定按钮；否则，返回前面，重新画结构或采用其他输入方式。
首页
