一、Label-free定量
Label-free定量，顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。
Label-free技术又可分为基于谱图数（Spectra Count，简称SC）和基于肽段母离子强度（或色谱离子流的峰面积即XIC）两种方法，后者更准确，使用更广泛。
技术特点
无需标记，操作简单；
不受比较样品数限制；
对实验操作稳定性、重复性要求高；
准确性较标记定量差；
要求至少做三次技术重复或生物重复。
适用范围
适合大样本量的定量比较；
对无法用标记定量实现的实验设计，易用label-free技术；
经典案例
题目：Label-free global serum proteomic profiling reveals novel celecoxib-modulated proteins in familial adenomatous polyposis patients（利用Label-free定量技术进行家族性腺瘤息肉病患者血清的全蛋白质组分析，寻找Celecoxib调控蛋白）
期刊：Cancer genomics proteomics
主要技术：Label-free定量
文章摘要：Celecoxib是一种环氧合酶选择性抑制剂，能够对患有预防家族性腺瘤性息肉病（FAP)和散发性大肠癌的病人进行防治。为了识别其具体的作用机制，本文采用多维色谱分离方法结合电喷雾串联质谱，使用Label-free定量技术，比较经Celecoxib处理前、后血清样品的蛋白质组表达量差异。发现了83个可能为Celecoxib响应的表达量显著差异蛋白。通过Western blotting方法，在FAP病人和结肠直肠癌细胞系中进一步确认了一些Celecoxib调控蛋白，为进一步进行Celecoxib作用机制的大规模临床试验奠定了基础。
图：Apo A-II蛋白中特征肽的定量结果比较
注：AB为处理前，CD为处理后
Fatima N, Chelius D et al. Label-free global serum proteomic profiling reveals novel celecoxib-modulated proteins in familial adenomatous polyposis patients. Cancer genomics proteomics.
文献来源：Fatima N, Chelius D, Luke BT, Yi M, Zhang T, Stauffer S, Stephens R,Lynch P, Miller K, Guszczynski T et al: Label-free global serum proteomic profiling reveals novel celecoxib-modulated proteins in familial adenomatous polyposis patients. Cancer genomics proteomics 2009, 6(1):41-49.
二、iTRAQ定量
iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation，同重同位素标签标记的相对和绝对定量)技术也是目前定量蛋白质组学中应用最广泛的技术。
iTRAQ试剂分为报告基团、平衡基团和肽反应基团。报告基团共有8种（113、114、115、116、117、118、119、121 Da)。肽反应基团能与肽链N端及赖氨酸侧链发生共价链接，从而将报告基团和平衡基团标记在肽段上；平衡部分质量分别为192~184，与报告部分相加正好为305。
在一级质谱图中，任何一种iTRAQ试剂标记不同样本中的同一蛋白质表现为相同的质荷比。在二级质谱中，iTRAQ试剂中的平衡基团发生中性丢失，信号离子表现为不同质荷比(113~121) 的峰，根据波峰的高度及面积，可以得到同一蛋白在不同样本中的表达差异；同时，肽段的MS/MS结果结合数据库检索可以鉴定出相应的蛋白种类。
技术特点
灵敏度高：可检测出较低丰度蛋白，胞浆蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白等；
分离能力强：可分离出酸/碱性蛋白，小于10K或大于200K的蛋白、难溶性蛋白；
高通量：可同时对8个样本进行分析，特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析；
结果可靠准确：定性与定量同步进行，同时得出鉴定和定量结果。
自动化程度高：液质连用，自动化操作，分析速度快，分离效果好。
适用范围
适用于任何类型的样本；
一次最多能标记8个样本；
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