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用 CsCl,Percoll, Nycodenz, metrizamide作自形成密度梯度离心 一

2020.7.14
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

用 CsCl,Percoll, Nycodenz, metrizamide作自形成密度梯度离心


一)概述:
近年来用重金属盐(主要是 CsCl)分离生物大分子的平衡等密度离心;用 Percoll(由瑞典 pharmacia-Biosystems AB开发的胶体硅材料,即在硅颗粒外包覆 PVP塑料、直径在 15nm~20nm以下的胶状小颗粒)自形成梯度分离细胞和亚细胞构造;用 Nycodenz和 metrizamide(由挪威的 Nycomed pharma A/S开发的碘化物梯度材料)的自形成梯度分离整细胞、亚细胞构造、核蛋白、病毒等方面的研究工作有令人满意的进展【参考文献(1)】,开发商也提供了很多技术资料、配制了很多实用的标准液用于梯度制备。

二)自形成梯度离心分离的优点:
不需要预先制备梯度,简化了离心工艺。
用于制备自形成梯度的材料化学性质稳定,对被分离物质无损害。
无毒性。
某些材料(如 Percoll,Nycodenz)在高速(RCFav=20,000×g~30,000×g)短时间(10
分~60分)就能自形成较缓和的或较陡的复合(由凸指数过渡到凹指数)梯度曲线,用于不用样品的分离纯化。
开发商提供了部分由梯度材料和稀释液配置的各种密度的等渗液,方便了用户配置。
可与样品混合直接做自形成密度梯度实验(如生物大分子的 CsCl平衡等密度离心),也可以预先离心制备自形成梯度后在梯度表面铺置样品再进行密度梯度离心。
可以用各种转头(固定角式、甩平、近垂直、垂直管、区带转头)制备自形成梯度,被分离样品的容量范围很宽。
由于近年来利用自形成密度梯度离心的论文增多,用户可以根据需要找到相应的参考资料(文献3)。
自形成梯度材料的扩散很慢,一旦形成梯度,梯度曲线变化很小。同样,沉降在其等密度区的样品扩散也很小(等密度离心)。对于利用梯度材料预先离心制备的自形成梯度作速率-区带离心(Rate-zonal),样品的沉降速度变化稳定,重复试验的成功率高。某些材料(如 Percoll)一旦形成密度离心梯度后其梯度曲线静置数周后变化仍很小。

三)重金属盐类自形成梯度有关计算公式(参考文献 4)


注意公式中 r1:离心管表面(弯月面)到旋转中心距离(cm)
                 r2:离心管底到旋转中心距离(cm) 
                 ρ1:离心管表面液体密度(g/cm3
                 ρ2:离心管底部液体密度(g/cm3
                 ρi:初始密度(g/cm3)
                 β0:参考讲座文献(10)
                 N:rpm
需要说明的是以上计算的离心时间是理论上的达到完全平衡的时间,对于单管容量为 12ml的角式转头,达到离心所需要的近似平衡的时间比理论计算值要短。上面的计算式结合实际实验需要的计算机模拟已在 80年代末至 90年代初实现了,最新的日立或贝克曼的超速离心机都具有这种模拟功能,有一些型号还可以与 PC机联机运算。
用重金属盐的自形成梯度分离纯化生物大分子从 80年代起已普遍被应用,为了减少用甩平或角式转头作自形成梯度离心的时间,也为了避免垂直管转头【(r2-r1)最小,离心时间最短】在离心管外壁会形成 RNA沉淀从而在梯度转换过程中会降低蛋白质,染色体,DNA片断和质粒 DNA的纯度,在80年代末开发了小角度(8°~10°,近垂直)转头,主要用于这类实验。
必须提醒的是模拟功能中有避免重金属盐在极大离心力和低温下结晶的警告,使用一般无模拟功能离心机的实验人员要注意最高转速和允许最低温度的限制(一般用 18℃~20℃)。离心过程中产生结晶是非常危险的,固态结晶硬度很高,在强离心场中会刺穿管壁并继续向外穿刺转头孔外壁,造成漏液和转头受损。避免的方法首先是合适的离心温度,其次是最高转速限制。为了既满足了转速限制又能减少分离时间,用逐级降速的分步(step)离心是有效的方法(分4~5级,逐级降速),而目前生产的超速离心机,除某些经济型外都有这种分步离心功能。
用微量超速离心机在较小的容量时利用极高离心力和分步离心可以在 2~4小时内分离纯化生物大分子的各种组份。
自形成密度梯度在高转速时非常稳定,在减速时梯度会发生转换,由于自形成梯度材料的粘度很低,梯度转换时容易产生不同密度层之间的混合,因此必须利用离心机在降到 1,000rpm以下时的慢减速功能,为了实现各种实验的最佳梯度方向转换,离心机 1,000rpm→0的减速分级应在5档以上。
此外,如果利用梯度材料在离心过程中自形成梯度后再在液面铺样品作速率-区带或等密度离心,铺样时要注意不使样品冲入梯度层。倾斜贴壁慢加样可以避免这一点。当样品中有较大颗粒成分时更要特别小心。


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