MBE装置由样品进样室、预处理分析室和牛K窜等组成。窜间用闸扳阀隔开，以确保生长室的超高真空与清洁。
根据MBE系统的几何结构相应地配置真空系统。根据要求，3个室的真空配置的配置泵的系统并非一样：
(1)进样室。真空度为1.33 x10-6~1 33 x10-8Pa。在l 33×10-6~1.33×10-7Pa段用吸附泵或涡轮分子加离子泵；1.33×10-7Pa时用涡轮分子泵；1.33 x 10-8Pa时用涡轮分子泵或其他泵加闭路循环液氮低温泵。
(2)预处理分析室。真空度为1 33×10-8Pa，由400L/s抽速的离子泵获得。
(3)生长室。真空度为1.33 x 10-9Pa。要按生长室的容积大小和所用的生长材料的阵质来配置。用大抽速带冷阱的特种油扩散泵、大抽速涡轮分子泵、太抽速闭路循环液氮低温泵、大抽速离子泵等四种泵为主泵，再辅以钛升华泵。
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