许多色谱技术应用于样品的预处理，其中薄层色谱、柱色谱及固相萃取为常用方法。在净化或制备时应当注意下述几个方面：
如事先用展开剂和乙醇依次展开，或者用淋洗剂、洗脱剂洗脱柱，以去除杂质；所有的溶剂使用分析纯的质量，以避免溶剂中杂质的干扰；避免使用高沸点或难挥发的溶剂作展开剂、淋洗剂或洗脱剂；减少淋洗或洗脱用的溶剂体积，因为浓缩时杂质的富集量增大，且增加工作量。
由于适合各种净化对象的固相填料的开发，柱色谱在20世纪80年代发展为专门的固相萃取技术。固相萃取有柱、片、膜以及粉末等形式，其中以粉未形式分散在液相介质中的萃取方法目前称之为QuEChERS法，宜于低脂肪基体中痕量提取和净化。经固相萃取后的溶液可直接上机联用分析。
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