二者最主要的不同是其工作肌理不同。
电子探针仪，学名应该是扫描隧道显微镜（scanning tunnel microscopy，STM）,它的工作原理是用一个针尖在离样品表面极近的位置慢慢划过，样品和针尖上加有恒定电压，随着针尖和样品起伏不平的表面原子距离的改变，二者间的电流会有变化，记录这个电流的变化进行处理后，可以得到表面的形貌像，这是其中的一个工作方式，还有针尖位置不变，电压变化的工作方式等。另外STM发展的非常蓬勃，衍生出很多其他类似的分支电镜，如AFM等。
扫描电子显微镜（scanning electron microscopy,SEM),是通过电子束对样品表面进行反复的扫射，通过探头收集反射回来的二次电子和背散射电子来进行成像。
二者相同的地方则是主要用作测样品表面形貌的仪器
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