细支气管肺泡癌确诊的“金标准”是病理诊断。痰细胞学检查是目前能够取得肿瘤标本最简单方便的无创伤性检查，检查方法为连续三天清晨留取深咳后的痰液进行细胞学涂片检查。但根据WHO最新的诊断标准，痰细胞学检查不足以诊断细支气管肺泡癌，对于局部的、周围型的、结节样病变来说，痰或支气管灌洗液的细胞学检查几乎无诊断意义。不仅如此，细支气管肺泡癌严格的定义常常要根据完整的手术切除标本才能做出确切诊断，以排除癌组织的浸润。小的活检标本，如经纤维支气管镜或经皮穿刺活检组织，有时虽具有细支气管肺泡癌的组织学特点，但尚不能完全诊断为细支气管肺泡癌，仅可做出“腺癌，细支气管肺泡癌可能”的诊断。
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