碱裂解法是提取质粒的最常用也最有效的方法，是基于染色体DNA与质粒DNA的变性与复性的差异达到分离目的。
原理:高pH使质粒DNA和染色体DNA变性，同时沉淀蛋白质。再将pH值调至中性，质粒DNA较小，很容易复性成双链。而染色体DNA较大，不会复性，缠结成网状不溶物质，从而可以通过离心除去。
方法:依次加入下面三种溶液:
溶液1:
葡萄糖
50
mmol/L，EDTA
100
mmol/L，Tris-Cl
25
mmol/L,溶菌酶5mg/ml,pH
8.0
溶液2:
NaOH
0.2
mol/L，SDS
1%
溶液3:
5
mol/L
KAc
60
ml，冰乙酸
11.5
ml，重蒸水
28.5
ml
其中溶液1作用主要是悬浮菌体，溶液2作用是裂解菌体，释放胞内物质，溶液3是沉淀染色体DNA
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