角蛋白是表皮细胞的结构蛋白，随着分化程度的不同，表皮细胞表达不同的角蛋白，因而可用于鉴别表皮干细胞、短暂增殖细胞和终末分化细胞。表皮干细胞表达角蛋白19；短暂增殖细胞表达角蛋白5和14；终末分化细胞表达角蛋白1和10。一般认为皮肤基底层、毛囊隆突部干细胞角蛋白19表达阳性，但有毛发皮肤基底层的表皮干细胞角蛋白19表达阴性。
Roh等在实验中发现毛囊隆突部表皮干细胞表达角蛋白15，而且在干细胞的分化过程中，角蛋白15表达的减少较角蛋白19表达的减少更早，角蛋白15阴性而角蛋白19阳性的细胞可能是“早期”短暂增殖细胞，在鉴别毛囊干细胞方面，角蛋白15可能比角蛋白19更有意义。但Porter等研究结果显示角蛋白15存在于整个毛囊根部外鞘中。
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