凝胶电泳
这是分离高分子量DNA的一种电泳技术，使DNA分子处在两个相互垂直、交替更换的电场中移动，把分子量不同的DNA片段分开，可分辨50kb至200kb的DNA分子。
YAC克隆
YAC是由质粒pBR322、酵母的着丝粒、四膜虫rDNA的端粒、酵母的自主复制序列（ARS）以及一些选择标记基因构成。呈环状结构时，可以质粒方式在原核细胞中增殖复制。切成线状结构后，可连同插入的外源DNA，如染色体一样地在酵母细胞中复制、分配给子细胞。YAC作为载体，克隆的外源DNA平均300kb，最长的可达100Okb，稳定地传递给子细胞。设计构建YAC时，在原核生物的复制起点〔Ori）上游安排一个限制酶切位点（如XhoI），当YAC载 有外源DNA后，只需用Xhol酶切，则靠近克隆位点的外源DNA上的XhoI切点，可与YAC的XhoI切点互补结合呈环状，按质粒进行复制和被回收。这种技术称为质粒获救。用这种方法可把外源DNA的末端分离出来，作为钓取与其邻接的、具有共同末端序列亦即重叠序列的另一DNA片段的探针。实际上这也就是染色体步移的操作。
PCR
PCR（多聚酶链反应）体外扩增DNA的技术，在生物学、医学等基础研究和临床诊断上有极其广泛的用途。在构建基因组物理图时，主要用于验证STS。
原位杂交
传统的以同位素标记探针作原位杂交，曝光后的颗粒较粗，定位不易精确。正在研究以荧光染料代替同位素，提高定位的精确度。
细胞分析
这是利用体细胞遗传学的方法构建高分辨的染色体图的技术。人-鼠杂种细胞接受射线辐照后，染色体断裂，筛选出保留缺失程度不同的人染色体的杂种细胞，可用于构建大尺度染色体物理图。
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