常用的固相杂交方法有斑点杂交法、夹心杂交法和原位杂交法等。下面简单介绍几种常用的核酸分子固相杂交方法。
①斑点杂交法（dot blot hybridization）：最常用的杂交模式．将样品DNA直接点在硝酸纤维素膜或尼龙膜上，在严格的条件下杂交后进行检测。斑点杂交法简单、迅速，不需要限制性核酸内切酶消化DNA，也不需要凝胶电泳和转移，且在一张膜上可检测多个样品。该方法敏感性高，但对杂交条件控制不严可出现非特异性杂交。
②夹心杂交法（sandwich hybridization）：采用位于待测基因两个相邻但不重叠的DNA序列制作探针，先将第一个不标记的探针（A探针，捕捉探针）吸附于固相支持物（如膜、孔或管）上，捕捉待测样本中与其互补的目标序列，然后加入第二个标记的探针（B探针，检测探针），与其互补序列结合后即可检测杂交信号。夹心杂交法的优点是特异性好，而且对核酸样品的纯度要求不高。
③原位杂交法（in situ hybridization）：用核酸探针与组织或者细胞中的核酸进行杂交并对其进行检测的方法。先把待测组织或细胞固定到固相载体上，然后用适当去污剂和蛋白酶、酸等物质处理标本，使标记的核酸探针能进入细胞并与待测核酸形成杂交体，从而可直接检测到组织或细胞内的核酸序列。原位杂交法为细胞甚至亚细胞水平的核酸检测提供了直接的方法。
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