肠病毒的流行与季节转换、环境变异有着极大的关联性，肠病毒只在夏季及初秋流行，每年六～九月为高峰期，气温过低的地区并不利于肠病毒生存。根据流行病学调查，肠病毒之传染途径主为粪--口传染（stool  -oral），感染肠病毒的患者会经由粪便排出病毒，这些含有高浓度肠病毒的粪便会污染环境甚至地下水源，在公共卫生条件不佳的地区，极易经由污染的水源而散播该病毒。由于肠病毒除了在肠道外亦可在扁桃腺增殖，因此病患的唾液或口鼻分泌物也会带有高浓度的病毒，所以不排除经由空气或接触等传染途径。因此防治肠病毒之流行除了重视个人卫生外，公共卫生及环境卫生亦不容忽视。

　　于1998年台湾地区肠病毒流行期间，对于是否需关闭游泳池以杜绝肠病毒之蔓延，在当时引起了相当大的争议。事实上，如前所述，浓度1～3%之漂白水即可有效杀死肠病毒，因此，经营者能依规定在游泳池内添加足够含量的漂液增加余氯值，应可避免因游泳而导致肠病毒感染。但水中至少需含有多少浓度（mg/L）的余氯才能有效抑制肠病毒，目前并无一确切标准，仍有待实验室之验证。由流行病学资料显示，EV 71具有季节性且无地域性限制，故于全世界各地均有肠病毒流行之报告，包括澳洲、日本、香港、马来西亚、瑞典、保加利亚、匈牙利及法国等。然而出现肠病毒致死病例的却只有少数地区，除了台湾地区外，于1969～1998年间曾经造成大流行并有多名致死病例之地区尚包括保加利亚、匈牙利及马来西亚等地。依据这些地区之肠病毒流行报告显示，EV 71侵犯的对象主为学龄前幼童，而由1998年台湾地区EV 71大流行时之统计数据发现，三岁以下之幼儿几乎都无EV 71之抗体，故为最主要之高危险群。 肠病毒流行发生于每年的夏、秋二季，六～九月为高峰期，容易侵犯15岁以下儿童，感染后会有2～10天（平均约3～5天）的潜伏期，并可经由呼吸道的飞沫传染或经由胃肠道的粪便传染。肠病毒的传染力始于发病的前几天，在发病后一周内传染力最高，在咽喉及粪便中都可发现有病毒的存在，肠病毒可持续存在于病患的口鼻分泌物达3～4周，而由肠道排出病毒的期间则可持续6～8周之久。

　　由于EV 71对于中枢神经系统有极高的感染性，故临床上出现之症状包括脑炎（encephalitis）、无菌性脑膜炎（aseptic meningitis）、急性无力肢体麻痹（acute flaccid paralysis）、手足口症（hand  -foot  -mouth disease）、疱疹性咽峡炎（herpangina）、急性出血性结膜炎（acute hemorrhagic conjuctivitis）、肌肉僵直（myoclonic jerk）、头痛（headache）、发烧（fever）及呕吐（vomiting）等，而其中以手足口症及疱疹性咽峡炎最为常见。一般而言，感染肠病毒多为无症状（约50～80%）或出现轻微类似感冒的症状，病人会自然痊愈而产生抗体，但因感染肠病毒且转成重症之患者却有极高的机率死于心肺衰竭及广泛性的脑干伤害，实不容小觑。