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冰冻切片组织可先固定后冻存，也可直接冻存，直接冻存一般采取液氮中速冻，然后转入-20度保存，冻存组织应避免反复冻融，且尽快进行切片或用OCT包埋(包埋后可放置较长时间)。未包埋的组织在-20度长期保存的组织会逐渐脱水(比如肌肉)，影响形态学观察。
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