筛选寡核苷酸针的原则
下面是筛选寡核苷酸针的一些原则。
一.长18~50nt,较长探针杂交时间较长,合成量低;较短探针特异性会差些。
二.碱基成分:G+C含量为40%~60%,超出此范围则会增加非特异杂交。
三.探针分子内不应存在互补区,否则会出现抑制探针杂交的“发夹”状结构。
四.避免单一碱基的重复出现(不能多于4个),如-CCCCC-。
五.一旦选定某一序更符合上述标准,最好将序列与核酸库中核酸序列比较,探针序列应与含靶序列的核酸杂交,而与非靶区域的同源性不能超过70%或有连续8个或更多的碱基的同源,否则,该探针不能用。