家族性高脂蛋白血症Ⅱb型（FCH）的发病机制尚不十分清楚，目前认为可能与以下几方面有关：
载脂蛋白（apolipoprotein，Apo）B产生过多
多数学者发现家族性高脂蛋白血症Ⅱb型（FCH）患者伴有Apo B合成过多，因而VLDL的合成是增加的。这可能是FCH的主要发病机制之一。但是，目前对于FCH患者体内Apo B过多产生的确切分子基础尚不清楚。
了解Apo B合成和分泌的细胞内过程，可能有助于弄清Apo B过多产生的基础。Apo B蛋白质有两种形式：一种Apo B48（分子量为250kD），它是乳糜微粒的结构蛋白；另一种是B100（分子量为512kD），是VLDL、IDL和LDL的结构蛋白，主要是由肝脏合成。两种Apo B是同一基因产物。
Apo B分泌调节机制尚未完全阐明。在HepG-2细胞中，Apo B是与胆固醇一起同在粗面内质网中合成。富含胆固醇的新生VLDL被转运到粗面内质网。三酰甘油也是在粗面内质网合成。在这里三酰甘油与VLDL组合成为成熟的VLDL。然后经高尔基体分泌出来。细胞内Apo B存在于两种功能不同的池：一个位于粗面内质网的膜上，属于退化通道；另一个位于内质网的腔内，参与VLDL的合成。Apo B的分泌受蛋白质修饰的影响。有人认为，在FCH时Apo B过多产生由于肝细胞内的Apo B调节机制障碍所致，引起含Apo B颗粒过多地分泌。此外，小肠合成Apo B的速率在FCH的发病中也起重要作用。
但是，也有人认为，血浆中Apo B水平升高可能与其基因异常有关。已知Apo B基因具有多态性，了解Apo B基因多态性与血浆Apo B水平升高之间的关系，对认识FCH的发病可能有帮助。Rauh等研究了FCH病人和正常血脂对照者的3种Apo B基因限制片段多态性（XbaI、MspI、EcoRI），结果显示受试者间这3种等位的频率无差别。所以，认为Apo B突变既不是FCH的原发病因，也不会引起血浆Apo B水平改变。
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