cccDNA和rcDNA在结构和理化特性上有三点不同：
①rcDNA在正链与负链上均有缺口或缺刻，只是部分区域互补故能形成环状结构，但非超螺旋结构；而cccDNA两条链均是完整的，二者共价互补，形成超螺旋结构。
②rcDNA能与蛋白质共价结合，cccDNA则不能。
③由于缺口或缺刻的存在，rcDNA可以被一些核酸酶如外切核酸酶Ⅲ(exonuclease Ⅲ)、绿豆核酸酶(mung beannuclease)等降解成寡核苷酸或单核苷酸，而cccDNA则由于是超螺旋且双链结构均是完整的，一般不会被上述酶降解。上述差异是设计和建立cccDNA检测技术的基础。
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