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cDNA文库组标准流程-7

2020.9.07
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

2.检测:(PCR方法)
取适量PCR薄壁管,置于冰上,按以下体系依次加入:

各试剂均加好后,离心机上甩一下,使之沉底,置于PCR仪上

待 PCR反应进入4℃后,取下PCR薄壁管,取7ulPCR产物加入3ul溴芬兰跑电泳,同时上1Kb DNA ladder
半小时后照相,观察胶图:insert、vector、阴性三个样品除了有少量引物带(大约在200bp左右)外,均无其他带形。阳性带形清晰。好的连接产物应在500
至 4、5Kb大小之内形成一条清晰的smear。

六.电转化流程
1.电转化感受态细胞的制备
1.用枪头挑取单克隆菌落,投入盛有10ml LB液体培养基的50ml离心管中。(同时做培养基和枪头的空白对照)
2.37℃,220rpm,培养 14-16个小时。
3.第二天,以1:100的比例将这10ml菌液倒入1000ml LB液体培养基中,37度,220rpm,振摇2-3小时,每半小时测一次OD,当OD值达到0.3-0.4时,停止培养。
4.将菌液在冰上预冷30分钟,随后将菌液分装到500ml 预冷的离心杯中,4℃,2500rpm离心10分钟。
5.弃上清,离心杯中加入少量ddH2O,使沉淀悬浮后,再将水注满离心杯,4℃,4000rpm离心10分钟。
6.弃上清,加少量灭菌水,重悬菌体,再将水注满离心杯,4000rpm,4℃,离心10min。
7. 弃上清,往离心杯中加入少量10%甘油(灭菌,预冷),重悬菌体,再加满10%甘油, 4℃, 4000rpm, 离心10min。
8.弃上清,每个离心杯中加入5ml10%的甘油,使沉淀悬浮后,将菌液以300ul/管分装于1.5ml的离心管中,-80 ℃冰箱中保存。同时取100 μl 感受态加0.01ng puc18直接电穿孔转化,检测转化效率。
9.次日观察转化子生长情况,并记录。
2.连接产物纯化
1.将连接产物转移至一1.5ml Eppendorf管中,加入下列试剂:
10ul of ddH2O
2ul of 3M NaAC(PH5.2)
50ul of 无水乙醇
轻轻混匀,稍微离心并将其置于-20℃放置1小时以上;
2.4℃,top Speed 离心30分钟;
3.小心移去上清,避免接触到管底的沉淀物;
4.加入 500ul 70%的乙醇,轻轻颠倒几次洗涤沉淀(注:不要离心混匀);
5.4℃,top Speed离心5分钟;
6.小心移去上清,将此Eppendorf管置空气中直至无乙醇气味;
7.加入10ul ddH2O重新溶解沉淀,4℃短期保存,-20℃长期保存备用;
3.电转化
1.从-80℃冰箱中取出感受态细胞,置于冰上解冻;
2. 取1 μl 纯化后的质粒于一1.5ml的离心管中,将其和0.1CM的电极杯一起置于冰上预冷。
3.将40~100ul解冻的感受态细胞转移至此1.5ml 的离心管中,小心混匀,冰上放置10min。
4.打开电转仪,调至Manual,调节电压为2.1KV。
5.将此混合物转移至已预冷的电极杯中,轻轻敲击电极杯使混合物均匀进入电极杯的底部;
6.将电极杯推入电转化仪,按一下pulse键,听到蜂鸣声后,向电击杯中迅速加入1000μl的SOC液体培养基,重悬细胞后,转移到1.5ml的离心管中。
7.37℃,220-250rpm复苏1小时。
8. 取20ul转化产物加160ulSOC涂板,放于37℃温室,过夜培养,次日查看转化结果。其余菌液加1:1的30%的甘油后混匀-80℃保存。
注:每块加有Amp的平板上均匀涂有X-Gal 80μl ,SOC 80μl,IPTG 20 μl。
4. 电击杯清洗流程
1.用清水将电击杯稍冲一下。
2.向电击杯中加入的75%酒精浸泡2hr。
3.弃去酒精,再用蒸馏水冲洗2~3遍,然后用1ml的枪吸取超纯水反复吹打电击杯10遍以上。
4.加入无水乙醇2ml于电击杯中,浸泡30分钟。
5. 弃去无水乙醇,于通风厨内挥干乙醇。
6.将清洗好的电击杯放入-20 ℃冰箱内待用。
注:1.不同样品使用的电机杯应分开;
2. 每周用1%酒精浸泡30分钟。

七.快速鉴定、菌落PCR
1.质粒快速鉴定
试剂:
Protoplasting buffer:

步骤:
1.将转化后的菌液铺平板,37℃过夜培养。
2.配制0 .6--0 .7%的琼脂糖TBE 胶。

3.用连续加样枪在96孔板中每孔加入10 µl Photoplasting Buffer。
4.用灭过菌的10ul小枪头挑取单克隆白斑至含有Photoplasting Buffer 的96孔板中,振荡混匀。
5.用连续加样枪将Lysis Buffer上样于凝胶中,每孔4 µl,用排枪将细胞与Protoplasting buffer混合液上样于凝胶中(细胞在Protoplasting buffer中不宜超过30-40 min),并点上Marker。
6.调节电压为20V(小槽)或40V(大槽),电泳15min,使细胞充分裂解,将电压调高到200V,继续电泳1hr,照相。
7.根据胶图粗略鉴定插入片段的大小及小片段率。
2.菌落PCR
1.取适量PCR薄壁管,置于冰上,每管先加入 17.3ul的灭菌水。
2.用灭过菌的10ul小枪头挑取单克隆白斑至灭菌水中,振荡混匀。
3.依次加入:

各试剂均加好后,离心机上甩一下,使之沉底,置于PCR仪上
4.94℃,2min。

6. 待PCR反应进入4℃后,取下PCR薄壁管,取7ulPCR产物加入3ul溴芬兰跑电泳,同时上1Kb DNA ladder。半小时后照相,观察胶图,根据胶图粗略鉴定插入片段的大小及小片段率。
7.将快速鉴定和菌落PCR检测合格的文库送检。
八.pBlueScript cDNA库扩增
1.试剂及配方:
2 x LB (1 升):
20g 氯化钠
20g 蛋白提取物
10g 酵母提取物
加入蒸馏水至1升,用NaOH调pH值至7.0,高压灭菌
2 x LB-甘油(12.5%)(200ml)
175ml 2 x LB 液体
25ml 甘油(100%)
加入蒸馏水至200ml,压灭菌,置于4℃备用

2.步骤
1.将cDNA文库转入大肠杆菌,如DH5a(DH10B)后,取少量菌液涂布氨苄平板,以推算克隆总量。
2.取一大小合适的三角瓶,根据克隆总量配制2 x LB液体,每500ml 2 x LB液体可扩增5x105个克隆,可以适当增加2 x LB液体的量,但不能少于此比例
3.按每100ml加0.3g的比例在2 x LB液体中加入 SeaPrep agarose
4.70℃加热搅拌至琼脂糖溶解,高压灭菌后再70℃搅拌30分钟.
5.37℃放置1小时
6.加入适量安苄青霉素,使之终浓度为50ug/ml
7.加入全部菌液,并轻柔旋转使之混匀,避免振荡
8.将三角瓶置于冰水中1小时,水面必须没过三角瓶内液面
9.轻轻取出三角瓶,30℃培养40-45小时
10.将三角瓶内容物全部转入离心管中,离心 10,000g ,20分钟,必须室温
11.弃上清,每100ml培养基离心得到的沉淀用10ml 2x LB-甘油(12.5%)重悬.
12. 将重悬液留下10ul检测滴度,其余分装于1.5ml离心管,-80℃冰箱内保存
13.取1ul扩增后菌液倍比稀释.
14.各取 10ul 稀释为10-5和10-6的菌液涂布于含安苄青霉素的LB固体平板上,37℃过夜培养,次日计算其克隆数以及扩增后总克隆数.


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