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cDNA文库组标准流程-2

2020.9.07
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

(二)动物组织totalRNA的提取
1.根据表1选择适当的组织量和相应的变性裂解液量,将变性裂解液分装到RNase-free的50ml无菌离心管中,冰浴5分钟。
2.将组织样品放入变性裂解液中,在高速下匀浆15-30秒/次,直到看不见组织和细胞碎片。
3.根据表1加入适量2M的乙酸钠(pH4.0),反复颠倒混匀4-5次。
4.根据表1加入适量酚/氯仿,加盖颠倒混合4-5次,再摇动10秒钟。
5.冰浴10分钟。
6.4℃,12000g离心20分钟。
7.小心转移上层水相于另一个RNase-free的无菌离心管中,内含所需的RNA。蛋白质和DNA分别留在了有机相和中间层。
8.加入等体积的异丙醇,-20℃沉淀 30分钟以上。
9.4℃,12000g离心20分钟。
10.根据表1加入适量的变性裂解液重新溶解RNA。
11.加等体积的氯仿,加盖颠倒混合4-5次,再摇动10秒钟。
12.4℃,12000g离心20分钟。
13.小心转移上层水相于另一个 RNase-free的无菌离心管中,加入等体积的异丙醇,-20℃沉淀至少30分钟。
14.4℃,12000g离心20分钟。
15.弃上清,加1ml75%的乙醇漂洗RNA沉淀。4℃,12000g离心10分钟。
16.弃上清,空气中干燥RNA沉淀,直至没有乙醇气味。用适量DEPC水充分溶解RNA沉淀。
17.取少量RNA用于测定OD值及电泳,其余置-80℃冰箱中保存。

表1

 

 

 

Mg# of tissue

500

800

1000

变性裂解液(ml)

5

8

10

2M NaOAC pH 4 (ml)

0.5

0.8

1

水饱和酚 (mL)

5

8

10

氯仿 (mL)

1

1.6

2

异丙醇(mL)

4

6

8

变性裂解液 (mL)

0.5

0.8

1

异丙醇(mL)

0.5

0.8

1

75% 乙醇(mL)

1

1

1

DEPC-treated H20 (mL)

0.5

0.8

1

(三)植物组织totalRNA的提取 1.先将研钵于-80℃冰箱中预冷,然后将1g样品在液氮中研磨成粉末状。
2.将粉末倒入盛有3ml变性裂解液的50ml离心管中,充分匀浆。(1g样品加入3ml变性裂解液)。
3.加入 0.3ml(1/10体积)2M的NaAc(ph4-5)颠倒混匀。
4.加入3ml(等体积)的水饱和酚,充分振荡,再加入1ml(1/3)的氯仿,振荡。
5.冰浴10min。4℃,12000g离心10min
6.小心转移上清于另一离心管中,加入2倍体积的无水乙醇,-70℃沉淀至少1小时。
7.4℃,12000g离心20min。
8.去上清,取沉淀。加1ml4M的LiCl溶解沉淀(1mlLiCl/g组织),并转入1.5ml离心管中。
9.4℃,13000rpm离心 15min。
10.用0.4mlDEPC水溶解沉淀,加1/2体积的水饱和酚,1/2体积的氯仿,颠倒混匀。
11.4℃,13000rpm 离心10min。
12.取上清,加1/10体积的3MNaAc(ph5)和2倍体积的无水乙醇,-70℃沉淀30min以上。
13.4℃,13000rpm 离心15min。
14.弃上清,用1ml75%的乙醇洗涤沉淀,4℃,13000rpm离心10min。
15.弃上清,取沉淀,空气中干燥RNA沉淀,直至无乙醇味。
16.用40-60ulDEPC水溶解(300-500ug/g)RNA沉淀。
17.取少量RNA 用于测定OD值及电泳,其余置-80℃冰箱中保存。

(四).TRIzolReagent提取 totalRNA(GIBCO)
1.查表2根据样品量选择适当的TRIzolReagent体积装入50mlRNase- free离心管中,注意样品体积不能超过TRIzolReagent体积的10%。
2.将组织样品放入TRIzolReagent中,高速下匀浆15-30秒/次,直至看不见组织和细胞碎片。
3.室温温育10分钟。
4.据表2加入适量体积的氯仿,剧烈震荡15秒钟,然后室温下温育3分钟。
5.4ºC,12000g离心15分钟,形成淡红色的苯酚/氯仿有机相,中间相和上层水相,水相约占TRIzol体积的60%。
6.转移上清于另一个Rnase-free的50ml离心管中。根据表2加入适量异丙醇,-20ºC沉淀1小时以上。
7.4ºC,12000g 离心10分钟。
8.去上清,据表2加入适量体积的75%的乙醇混匀。
9.4ºC,7500g离心5分钟。
10.去上清,空气中干燥或真空抽干RNA沉淀,但不要太干。加入适量体积的DEPC-WATER,溶解沉淀。取少量RNA用于测定其OD值和电泳,其余置 -80ºC冰箱中保存

组织量

TRIzol Reagent

氯仿

异丙醇

75%乙醇

50~100mg

1ml

0.2ml

1ml

1ml


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