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cDNA文库组标准流程-3

2020.9.07
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王辉

致力于为分析测试行业奉献终身

二.mRNA的分离
1.Oligotex mRNA Kits (QIAGEN)法
准备工作:
1.将Oligotex Suspension 置于37℃水浴中,旋转混匀,溶解 Oligotex.,然后置于室温。
2.将OBB Buffer置于37℃水浴中,旋转混匀,重溶沉淀物,然后置于室温。
3.将 OEB Buffer 置于70℃水浴中,待用。

试验步骤:
表3:加入试剂量据此表

Total RNA

RNase-free Water to:

Buffer OBB(ul)

Oligotex
Suspension(ul)

Prep size

<=0.25mg

250ul

250ul

15

Mini

0.25-0.5mg

500ul

500ul

30

Midi

0.5-0.75mg

500ul

500ul

45

Midi

0.75-1.00mg

500ul

500ul

55

Midi

1.TotalRNA量不要多于1mg ,用移液器取出所需RNA量到1.5ml离心管中,加RNase-freewater补足到500ul
2. 根据表3加入适当体积的OBBBuffer和OligotexSuspension,轻弹1.5ml离心管彻底混匀
3.置于70℃水浴中 3min
4.取出置于室温(20℃-30℃)10min
5.13000rpm室温离心2min,用移液器吸出上清到一个新的1.5ml离心管中,保留上清直到polyA被结合上。
6.用移液器取400ulOW2Buffer混匀沉淀物,将混合物转移到SpinColumn 中,RT,13000rpm,离心1min
7.将SpinColumn转移到一个新的1.5ml离心管中,加 400ulOW2,RT,13000rpm,离心1min
8.将SpinColumn转移到一个新的1.5ml管中,取出 25ulOERBuffer(70℃)到Column中,用移液器吹打3-4次树脂,室温13000rpm,离心1min。
9.取出 25ulOERBuffer(70℃)到Column中,用移液器吹打3-4次树脂,室温13000rpm,离心1min。
10.测OD,并电泳定量。
2.磁珠法分离mRNA
1.在RNase-free的Eppendorf管中加入0.1~1.0mg 的总RNA和RNase-free水至终体积为500ul.
2.65ºC加热10分钟。
3.加入3ul生物素标记的 Oligo(dT)和13ul20×SSC于RNA中,轻轻混合,室温放置逐渐冷去至室温,一般需10分钟左右。
4.同时配 0.5×SSC1.2ml和0.1×SSC1.4ml.
5.将磁珠(SA-PMPs)轻晃散开,放入磁性分离架上,使SA-PMPs集中于管的一侧(约30sec),小心去上清,切不可离心。用0.3ml0.5×ssc漂洗SA-PMPs,用磁性分离架集中磁珠,去除上清,重复3次。
6. 将漂洗后的SA-PMPs重新悬浮于0.1ml0.5Xssc,注意漂洗后的SA-PMPs应在30分钟内使用。
7.将(3)中的 oligo(dT)/mRNA退火反应物全部加入含漂洗好的SA—PMPs管中,轻轻摇匀,室温下放10分钟。
8.用磁性分离架捕获SA- PMPs,小心去上清,但不要弃去。
9.用0.1×SSC,每次0.3ml洗3次,每次都晃至SA-PMPs悬浮,最后一次漂洗后尽可能多的吸取水相,而不损坏SA-PMPs.
10.将SA-PMPs重新悬浮在0.1mlRNase-free水中,反复颠倒,使SA-PMPs散开,洗脱mRNA。
11.用磁性分离架捕获SA-PMPs,将洗脱的mRNA吸入另一个新的Eppendorf管中。
12.将SA- PMPs再悬浮于0.15mlRNase-free的水中,洗脱,与(11)步洗脱液合并。
13.将得到的mRNA溶液取几微升跑电泳,若 mRNA浓度不足以进行下一步的反转录,则需将得到的mRNA溶液浓缩(浓缩步骤见14-18)。
14.加0.1体积的3mol/lNaAc和 1.0体积的异丙醇于洗脱液中,-20ºC沉淀过夜。
15.4ºC,13000g离心60分钟。去上清,加入500ul70%乙醇混匀。
16.4ºC,7500g 离心10分钟。
17.去上清,真空或空气中自然风干,但不要太干,加适量RNase-free水溶解。
18.重复步骤5-12,将步骤8保留下的样品重新上柱

注意事项:
1.所有操作均需要严格戴手套,戴口罩进行
2.如果totalRNA质量高,杂质少,就选择Oligotex的方法分离mRNA,相反则可以用磁珠法。
3.mRNA的电泳图是smear.


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