如何从3D培养样本中提取总RNA

采用有机法提取3D培养物中的RNA是目前使用最普遍的方法，以文献中引用最多的Invitrogen™ TRIzol™ 试剂为例，其方便的提取过程以及在RNA完整度上的出色性能优势，深受广大科研工作者的喜爱。但值得注意的是，随着球状体或类器官的生长，其半径越大，TRIzol对样本的裂解将变得艰难，需要增加TRIzol的用量或裂解时长。故并不是3D样本半径越大，其提取和基因表达效果越好。因此，TRIzol在研究多个体型较小球状体或类器官的基因表达上会比研究单个体型较大球状体或类器官更具优势。

柱法也是提取3D培养样本中核酸的一个主流方法。它的特点是，更加快速便捷的操作和高纯度的目标核酸类型。以PureLink™ RNA 小提试剂盒为例，使用试剂盒提取，能够在30分钟内完成提取，获得的目标核酸纯度更高，在不同样本之间，以及不同数量和大小的球状体或类器官样本中均能表现出稳定的提取效率。但需要注意的是，针对具体样本适当调整裂解液的用量和裂解时长，能够有效提升试剂盒提取的效果。该方法适合待提取样本数量不多的实验。

随着磁珠技术的突飞猛进，以及自动化样本处理平台的迅速发展。近些年来，磁珠法在核酸纯化领域的使用越来越普遍。结合仪器实现自动化，广泛的用于各种高通量样本处理。MagMAX™ mirVana™ 总 RNA 分离试剂盒就是一款经典的磁珠法RNA纯化试剂盒。在3D培养样本的RNA纯化过程中，能够很好的保证RNA完整度，在小RNA的回收效率上比其他方法更加出色（图1）。由于可以整合入自动化平台，所以该产品受到许多NGS 和 qPCR的客户青睐。

TaqMan™ Fast Advanced Cells-to-CT™ 试剂盒是一种完整的细胞裂解物系统，可直接采用培养细胞进行基因表达分析，而无需 RNA 纯化步骤。运用于3D培养的样本处理可以实现10分钟内完成样本处理，并直接进行后续qPCR分析。但需要注意的是球状体和类器官的生长状态会影响Cells-to-CT的裂解过程。其中残留的PSB也会在一定程度上降低样本的裂解效率，因此确保球状体和类器官完全裂解在这种方法中非常重要。由于类器官的培养环境相对复杂一些，所以在采用Cells-to-CT直接进行基因表达分析时，这类样本的效果稍逊色一点。但其快速便捷的基因分析能力，在分析大批量单个球状体和类器官的实验中更具有优势。

虽然目前市面上没有一款专门正对于3D培养样本的核酸纯化试剂，但赛默飞的四种核酸纯化方法均能高效稳定的完成3D培养样本的核酸分离并用于下游的基因表达分析。针对不同的样本类型和不同的应用场景，可以灵活的选择不同的纯化方式，以满足不同的实验需求。