1. 猪胆酸通过不同的TGR5和FXR信号机制来改善葡萄糖稳态
本研究发现猪体内含量最高的一类胆汁酸——猪胆酸（HCAs）能够高效调控血糖平衡，具有治疗2型糖尿病的效果。这类物质通过作用于肠道内分泌L细胞，激活G蛋白偶联胆汁酸受体5（TGR5）信号，同时抑制法尼醇X受体（FXR）信号，上调胰高血糖素原基因（proglucagon）表达，促进胰高血糖素样肽-1（GLP-1）的生成和分泌，从而有效调控血糖稳态。最后，该研究在临床队列中证实，HCA种类的血清浓度降低与糖尿病有关，并且与血糖指标密切相关。
原文链接：
https://doi.org/10.1016/j.cmet.2020.11.017
本研究实际上是作为上篇研究的先导工作，研究团队采用5个临床队列，包含1500+例受试者，验证了HCAs有望成为临床代谢性疾病术后恢复或早期预测的生物标志物。
原文链接：
https://doi.org/10.1038/s41467-021-21744-w
3. 猪去氧胆酸通过调控肠肝轴治疗NAFLD的新机制
本研究通过两个临床队列和多个动物模型实验，阐明了内源性HDCA通过肠（肠道菌群与肠道FXR信号通路）-肝脏（CYP7B1、PPARα）轴缓解肝脏脂质堆积，HDCA改变肠道菌群提供有利于狄氏副拟杆菌生长的微环境，产生γ-亚麻酸并通过PPARα信号传导抑制肝脏CYP7A1经典胆汁酸合成通路，从而改善非酒精性脂肪性肝病。
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https://doi.org/10.1016/j.cmet.2023.07.011
4. HDCA通过调节脂肪酸代谢和靶向PPARα的穿梭改善NAFLD
本研究阐释了HDCA进入肝细胞后靶向抑制RAN/CRM1/PPARα异源三聚体的形成，治疗NAFLD的新机制。该研究是与上一篇HDCA研究工作的背靠背研究，从不同角度阐释了HDCA除了能通过肠肝轴调控肝脏脂质代谢外，还可以直接进入肝细胞，靶向调控肝细胞内PPARα的细胞核内外穿梭过程，体现了中药活性成分在体内多途径、多靶标的作用特点。
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https://doi.org/10.1038/s41467-023-41061-8
贾伟教授与南方医科大学陈鹏教授等发现脓毒症患者的血浆 HDCA 水平显著低于匹配的健康受试者，并且血浆 HDCA 的水平在一定程度上与脓毒症病情进展指标负相关；进而揭示了HDCA 可作为一种新的内源性 TLR4抑制剂，通过抑制全身炎症，减少器官损伤，延长脓毒症小鼠的存活时间，在一定程度上证明了 HDCA 对脓毒症的保护作用可能至少部分是由于TLR4信号通路的抑制。
原文链接：
https://doi.org/10.1016/j.ymthe.2023.01.018
6. 普洱茶通过调控肠道菌-胆汁酸代谢发挥减肥降脂的功效
本研究发现，普洱茶中的茶褐素改变了小鼠及人的肠道菌群结构，主要是与胆盐水解酶（BSH）活性有关的细菌丰度显著降低；回肠结合型胆汁酸水平升高，从而抑制肠内FXR-FGF15信号传导途径，导致胆汁酸肝脏生成和粪便排泄增加，肝脏胆固醇含量降低，脂肪生成减少。此外，肠道FXR-FGF15信号的抑制伴随着胆汁酸替代合成途径的增加，生成CDCA，激活肝脏FXR并促进脂解。
原文链接：
https://doi.org/10.1038/s41467-019-12896-x
本研究发现肥胖易感和肥胖抵抗小鼠肠道菌群存在着差异，且胆汁酸种类也表现出显著差异，肥胖易感者体内12-OH类的胆汁酸比例较高，而肥胖抵抗者体内非12-OH类的胆汁酸高。这样的胆汁酸差异对肥胖表型的影响有两个方面：1）12-OH类的胆汁酸（尤其是结合型的12-OH如TCA）在肠道内能够很好地形成乳糜微粒，更有效地吸收脂肪，进而增肥；2）非12-OH类的胆汁酸能更有效地消耗脂肪和能量，进而减肥。
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https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2020.102766
8. 肠道菌-胆汁酸代谢作用有效减轻节食后体重反弹
本研究证实节食后有益的肠道菌Parabacteroides distasonis（狄氏副拟杆菌）、非12α-羟基胆汁酸比例以及能量消耗的减少介导了体重反弹增加。补充P. distasonis、非12α-羟基胆汁酸UDCA能有效减轻体重的反弹，说明了P. distasonis细菌具有作为益生菌的潜力，可以通过补充该益生菌减弱节食造成的不良影响并减轻体重的反弹。
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https://doi.org/10.1038/s41467-022-29589-7
9. 黄芪多糖通过2-羟基丁酸改善肥胖小鼠的脂质代谢
本研究证实了黄芪多糖对肥胖动物的代谢益处，利用功能代谢组学寻找并确定了一种内源性小分子代谢物2-羟基丁酸，通过体内外实验证实了2-羟基丁酸对脂代谢的调节作用。结果表明，黄芪多糖对肥胖小鼠的代谢益处至少部分是通过增加小鼠体内2-羟基丁酸水平实现的。
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https://doi.org/10.1016/j.eng.2020.05.023
本研究通过临床队列胆汁酸分析发现肝性脑病患者胆汁酸与血氨含量显著差异，进一步表明，ASBT介导的胆汁酸重吸收显著升高了血清和脑组织的胆汁酸水平，降低了肠腔的酸度，提高了肠道pH，促进肠道铵转化为氨气，导致血液和脑中具有神经毒性的氨和细胞毒性的胆酸水平异常增高。提示贯穿肠-肝-脑代谢轴的胆汁酸转运和代谢出现紊乱很可能是构成神经性退行性疾病如老年痴呆症的一种重要的发病机制。
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https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2018.10.030
11-12. 胆汁酸或将成为阿尔茨海默病新的生物标志物
贾伟教授与杜克大学医学中心合作的一个涉及大规模AD患者队列的研究，通过检测1464例受试者（认知正常370例，早期轻微认知障碍284例，晚期轻微认知障碍505例以及AD病人305例）的胆汁酸谱，系统观察了AD发生发展过程中胆汁酸谱的变化规律，相关研究结果以两篇Featured Article文章发表在Alzheimer’s & Dementia期刊。
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https://doi.org/10.1016/j.jalz.2018.08.012
https://doi.org/10.1016/j.jalz.2019.03.002
本研究由贾伟教授牵头，联合美国杜克大学、哈佛大学、德国生物信息和系统生物学研究所以及深圳绘云生物科技有限公司等十余个团队，通过千例队列随访，全面刻画男性和女性胆汁酸谱在AD发生发展过程中不同的变化轨迹，发现男性比女性变化的更早且更显著，证实胆汁酸特征对AD诊断和预测有辅助作用。
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https://doi.org/10.1002/advs.202306576
14. 肠道菌群重塑性别依赖性地改善老年小鼠体内的炎症与胆汁酸稳态失衡
本研究证实老年小鼠肠道菌群明显失调，胆汁酸稳态失衡并伴随炎症增加。通过将老年小鼠肠道菌群的年轻化重塑，可以明显减轻老年小鼠的机体炎症，并逆转老年小鼠体内的胆汁酸稳态失衡，调节肝脏胆汁酸代谢通路基因的表达，而且，这种作用具有明显的性别相关性特征。该研究表明肠道菌-胆汁酸代谢轴失衡可能是衰老相关疾病发生发展的重要机制。
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https://doi.org/10.1080/19490976.2020.1763770
15. 胃胆汁酸-微生物促进胆汁反流性胃癌发生新机制
本研究首次揭示了胆汁酸-微生物在胆汁反流性胃炎引起的胃癌中的作用及分子机制。研究证实结合型胆汁酸TDCA、LPS与致炎性微生物普雷沃氏菌（产LPS）的增殖可促进炎性和癌症信号通路的激活，对胃癌病变中表现有害作用，并指出中药丹参中的一种有效成分隐丹参酮能有效抑制胆汁反流引起的胃癌前病变。
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https://doi.org/10.1002/advs.202270105
16. 葡萄糖转运子GLUT3促进肠癌细胞恶性增殖的机制
贾伟教授与复旦大学附属肿瘤医院蔡国响主任医师团队综合应用临床样本、以及多重体内外实验深入研究发现，结直肠癌组织中的低糖环境可以活化AMPK/CREB1信号通路，继而转录激活高葡萄糖亲和力转运子GLUT3的表达，增强葡萄糖的利用能力对抗低糖应激，从而促进肠癌细胞的恶性生长。
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https://doi.org/10.1038/s41392-020-00220-9
17. 代谢物与菌群的相互作用或是结直肠癌潜在诊断标志物
贾伟教授与于君教授团队联合通过分析386名受试者，包括临床患者（结直肠癌、结直肠腺瘤）和正常对照者的菌群代谢物水平和微生物组学，确定了结直肠肿瘤发生早期阶段潜在的代谢物，综合代谢物和微生物组分析表明，肠道代谢物及其与肠道菌群的关联在CRC进展过程中受到干扰。粪便代谢物可用于结直肠肿瘤非侵入性诊断。
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https://doi.org/10.1186/s40168-021-01208-5
贾伟教授与中南大学湘雅医院周文教授团队合作发现MM患者骨髓微环境中独特的氨基酸代谢失衡模式，其中甘氨酸浓度与临床病程呈显著正相关。系列的体内外功能实验和代谢流实验证实甘氨酸主要通过干预MM细胞内还原型谷胱甘肽平衡促进MM进展和耐药；而骨髓微环境中甘氨酸主要来源于MM细胞分泌的金属基质蛋白13介导骨胶原蛋白降解。
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https://doi.org/10.1038/s41467-022-31248-w
19. 氮循环肠道微生物与宿主代谢互作诱导多发性骨髓瘤耐药的新机制
贾伟教授与中南大学湘雅医院周文教授团队合作发现以Citrobacter freundii为代表的氮循环肠道微生物在复发耐药MM患者体内富集，且通过上调患者的NH4水平、提高MM细胞对NH4的摄入和增强NEK2蛋白的稳定性，从而诱导MM对硼替佐米耐药；此外，通过服用呋塞米或益生菌（如Clostridium butyricum）可部分缓解MM宿主对硼替佐米耐药。
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https://doi.org/10.1016/j.cmet.2023.11.019
20. 活跃的果糖代谢促进急性骨髓性白血病恶性进展的机制
本研究发现AML患者整体代谢谱出现显著变化，糖酵解代谢水平非常活跃，而且患者的糖酵解代谢活性越高，其生存就越差；活跃的糖酵解代谢可显著降低AML细胞对化疗药阿糖胞苷的敏感性。进一步发现在葡萄糖缺乏的情况下，AML细胞可启动一个替代机制转而利用果糖。果糖是人体血液系统中的第二大血糖，它的细胞转运由SLC2A5基因编码的GLUT5蛋白转运子介导。
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https://doi.org/10.1016/j.ccell.2016.09.006
21. 前瞻性研究：与结直肠癌风险相关的血液代谢物
贾伟教授与美国范德堡大学医学院Wei Zheng团队合作采用疾病诊断前的样本分析，开展了一项针对结直肠癌风险的前瞻性队列研究。首次在亚洲人群中开展前瞻性代谢组学研究发现了35种与结直肠癌风险相关的生物标志物，大多数与风险相关的代谢物是脂类，其中甘油磷脂最为显著，甘油磷脂失调与结直肠癌的关系最为密切。
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https://doi.org/10.1002/ijc.31341
22. 腹泻型肠易激综合征患者富含梭状芽胞杆菌从而导致胆汁酸排泄增加
贾伟教授与香港浸会大学卞兆祥教授、广州中医药大学方晓东教授团队开展的临床、代谢、分子生物学和生物信息学跨学科，通过代谢组学和宏基因组分析，研究了IBS-D队列肠道菌群与胆汁酸紊乱的关系，发现富含梭菌的微生物群主要通过FGF19/15水平降低从而导致抑制肝胆汁酸合成的反馈调节机制作用丧失，增强胆汁酸排泄。
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https://doi.org/10.1172/JCI130976
23. 两个肠菌代谢物损害代谢综合征和肠易激综合征的胰岛素敏感性
本研究运用宏基因组测序和代谢组学定位到了活泼瘤胃球菌Ruminococcus gnavus及其衍生的色胺和苯乙胺，随后又通过一系列的体内外实验证实了其为IBS和代谢综合征胰岛素抵抗发病机制的重要因素，并明确了色胺和苯乙胺通过TAAR1-ERK信号轴损害代谢组织中的胰岛素信号传导机制。
原文链接：
https://doi.org/10.1038/s41467-023-40552-y
24. 高效产乙酸菌Desulfovibrio vulgaris改善小鼠非酒精性脂肪性肝病
本研究发现黄芪多糖改善NAFLD的作用不仅具有菌群依赖性特征，而且能够显著富集肠道细菌，Desulfovibrio vulgaris 菌；进一步研究证实，该菌不仅是一个天然的H2S产生菌，而且具有高效的产生乙酸的能力。外源性补充该菌能够显著改善高脂饮食喂养小鼠的肝脏脂肪变性、胰岛素敏感性及体重增长。通过肝脏RNA seq分析及分子生物学研究证实该菌改善NAFLD的作用与抑制肝脏FASN和CD36蛋白表达有关。
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https://doi.org/10.1080/19490976.2021.1930874
25. 肠道菌群-胆汁酸调节低出生体重仔猪肠道炎症的机制
贾伟教授与中国农业大学王军军教授合作通过分析胆汁酸谱靶和微生物组学并利用粪菌移植和巨噬细胞清除等研究方法，揭示了一种胆汁酸（BAs）—熊脱氧胆酸（UDCA）通过与BAs受体法尼醇受体（FXR）结合、抑制巨噬细胞中NF-κB信号通路的活化，从而减少肠道炎性细胞因子的产生，以缓解IUGR猪肠道损伤的分子机制。
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https://doi.org/10.1186/s40168-022-01458-x
26. RCT试验:定植母亲阴道菌群对剖宫产婴儿神经发育和代谢组的影响
贾伟教授团队与南方医科大学珠江医院何彦教授团队等合作开展的一项三盲（传统双盲+数据处理盲法）随机对照试验，发现通过擦拭浸有母亲阴道分泌液体的纱布，可以改善剖宫产分娩的新生儿远期的健康状况，尤其是神经功能发育的提升。在促进婴儿肠道菌群成熟等方面，也具有积极的作用。此外，VMT可调节婴儿肠道的代谢产物和代谢功能。
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https://doi.org/10.1016/j.chom.2023.05.022
27. 新技术：超灵敏传感器揭示生理和疾病中乳酸代谢的时空景观
贾伟教授与华东理工大学赵玉政教授等团队合作报道一种高性能的乳酸监测成像新技术，实现了在活细胞、亚细胞和在体水平对乳酸代谢的原位、实时、定量动态追踪，并在乳酸空间分布、调控网络、药物筛选、临床诊断方面取得了重要突破。
原文链接：
https://doi.org/10.1016/j.cmet.2022.10.002
贾伟教授与罗马第二大学团队本研究揭示了人锌指(C2H2型)蛋白ZFP750是表皮屏障功能的主要调节剂，通过直接和/或间接控制参与几种表皮脂质合成酶的表达来控制表皮脂质组成，这将有助于了解几种人类皮肤病的发病机制。
原文链接：
https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adg5423
本研究发现含有三聚氰胺的“有毒奶”造成肾结石的罪魁祸首是居住于病人肠道中的一种细菌—Klebsiella terragenia (克雷伯氏菌属菌)，它能将三聚氰胺转化成三聚氰酸，进而二者形成不溶性的复合物，产生肾结石，导致肾毒性的发生。该研究入选Science杂志“2013年世界十大科技突破”。
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https://www.science.org/doi/10.1126/scitranslmed.3005114
30. 靶向代谢组学分析血清血清触珠蛋白与颈动脉功能之间的关系
本研究通过靶向代谢组学方法在中国T2DM患者和非DM受试者中发现了许多血液代谢物，特别是PCs和溶血PCs，与血清Hp水平和血脂代谢相关。此外，两种酸性氨基酸的代谢物比值(Asp/PC ae C32:2和Glu/PC ae C32:2)与两种人群的血清Hp、颈动脉功能等生化指标呈显著相关。
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https://doi.org/10.1186/s12933-019-0808-2
贾伟教授与上海中医药大学刘平教授团队合作通过对两个研究队列受试者进行血清靶向定量代谢组学研究，筛选出4个代谢物指标并建立机器学习模型进行疾病诊断，并可区分不同阶段肝纤维化，代谢指标包括反式亚油酸、牛磺胆酸、酪氨酸，以及与慢乙肝进展高度相关的酪氨酸/缬氨酸，其诊断性能优于FIB-4、AST/ALT、APRI。
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https://doi.org/10.1186/s12916-020-01595-w
32. 科研与转化：茶褐素+茯苓多糖降脂功效及机制
基于团队前期对普洱茶-茶褐素的多项工作，本研究发现茶褐素（Theabrownin, TB）与茯苓多糖（Poria cocos Polysaccharide, PCP）均可降低血清和肝脏脂质水平，并且两者联用（TB+PCP）效果大大提升；这种效果是通过调节胆汁酸和脂肪酸代谢，促进胆固醇和脂质代谢和转运，抑制脂质合成与吸收，从而达到改善脂肪肝。该发现已成功转化为脂肪肝干预产品-天泊宁茯苓普洱茶粉固体饮料。
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https://doi: 10.3389/fphar.2019.00063
本篇前瞻性综述提出了很多疾病，包括肥胖、糖尿病、消化道肿瘤、以及神经退行性疾病，其真正的靶点可能位于肠道微生物组，未来将会产生出针对这些疾病进行肠道微生物调整的全新的治疗策略和方法。
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https://doi.org/10.1038/nrd2505
本篇综述阐述了肠道菌群代谢在宿主中的重要作用，并对上百个代谢物-相关菌属-潜在功能等进行了全面总结。
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https://www.science.org/doi/10.1126/science.1223813
35. 结直肠癌（CRC）和肝细胞癌（HCC）的肠道菌群差异
本综述探讨了各种类型HCC以及CRC肿瘤微环境是否相似。通过阻断血液供应来“饿死肿瘤”的思路同样适用于肠道菌群调节肿瘤微环境。通过调节肠道菌群改善营养或免疫，进而调控肿瘤微环境，达到治疗效果。此外，还需要更多的研究以解决肠道菌群与疾病病因和/或阶段之间的关系。
原文链接：
https://doi.org/10.1007/s13238-020-00748-0
本文总结了肠道菌群在大肠癌转移过程的作用及分子机制，指出肠道菌群可通过多种途径影响大肠癌远处转移，主要包括三个环节：增强肿瘤细胞恶性程度，促进肿瘤细胞侵袭及迁移能力，重塑肿瘤微环境；为靶向肠道菌防治大肠癌转移提供理论基础。
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https://doi.org/10.1016/j.canlet.2022.216039
37. 胆汁酸-肠道菌之间对话出错推动消化道肿瘤的发生
本篇综述了肝肠循环中的胆汁酸代谢、转运，及与肠道菌群相互作用等在消化道肿瘤的调控作用，并提出消化道的炎症和癌症发生可以通过调节肠道菌、调节胆汁酸的合成及转运从而达到肠肝循环中胆汁酸的平衡以及修复FXR信号因子等机制来有效的控制。
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https://doi.org/10.1038/nrgastro.2017.119
本文深度总结了BA合成途径（尤其是替代途径）的最新研究进展，合成通路中产生的非-12-OH BA和羟化固醇将激活各组织中多个核和膜受体介导的信号通路；并探讨了BA替代合成途径在治疗代谢性疾病中的前景。
原文链接：
https://doi.org/10.1007/s13238-020-00804-9
本文总结了起源于肠肝循环并扩展到外周器官的BAs调节的代谢和免疫稳态过程，强调了胆汁酸作为外周组织信号分子的重要性，并提出肠-肝轴作为潜在药物靶点的观点，但基于胆汁酸的肝-肠轴有效安全的治疗仍值得进一步研究。
原文链接：
https://doi.org/10.1007/s11427-023-2353-0
40. 肠菌-胆汁酸-脑轴在阿尔兹海默病和肝性脑病中的调控作用
本文提出了“肠道菌群-胆汁酸-脑”关系轴可能是阿尔兹海默病/肝性脑病发病及干预新靶标的科学假说。
原文链接：https://doi.org/10.1002/med.21653
贾伟教授与团队开发并验证了一种基于LC-MS分析人血清和尿液中C24胆汁酸的检测方法。
原文链接：
https://doi.org/10.1007/s00216-018-1183-7
一种基于GC-TOF/MS的高通量绝对定量检测多类群百余种重要肠道菌群代谢物的微生物代谢组分析方法。之后团队将该技术转移至LC-MS平台，升级到200+种代谢物
原文链接：
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.7b00660
贾伟教授团队将多种相关分析、差异分析和网络分析方法进行科学整合，建立了代谢组-肠道微生物组关联分析的新策略，并将其应用于“脑-肠-菌群”轴的初步研究中，为跨组学关联网络研究提供了新方法，为“脑-肠-菌群”轴研究提供了双组学信息学参考。
原文链接：
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.7b02859
贾伟教授团队针对现有相关分析方法的不足和组学数据的特点，设计并开发了一套新的代谢物组和微生物组相关分析方法（Generalized coRrelation analysis for Metabolome and Microbiome，GRaMM)。该方法整合了线性回归、最大信息系数、代谢物混杂变量消除以及中心对数转换等方法，能够较好地处理线性和非线性关系，可兼顾大样本和小样本情况，且可以将混杂变量纳入分析。
原文链接：
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.9b02948
45. 一次绝对定量检测300+代谢物—Q300全定量功能代谢组方法学
贾伟教授团队基于化学衍生法开发的UPLC-TQMS代谢组学检测方案，可以对300+种不同类别代谢物实现同时绝对定量检测分析，并经过多个临床队列样本的验证，成功实现在一个方法下实现数百种代谢物的绝对定量检测。并且该方法已生产为标准化自动化操作的试剂盒产品。
原文链接：
https://doi.org/10.1021/acs.analchem.0c04686
本文报道了一种用于代谢组学数据分析的新网络工具—iMAP，其作为IP4M的升级版，不仅增强了可视化和结果的优化，增加了更多的方法和模块，以及各种预定义的工作流程，用户还可根据自己的具体研究目的和数据特征建立自定义工作流程。
原文链接：
https://doi.org/10.3389/fchem.2021.659656
贾伟教授团队自主研发了一套专门应用于多组分药物动力学数据分析的生物信息学软件，R包——PolyPK。针对各种数据分析中的技术环节以及研究者应用中会出现的主要问题，对多药药物动力学数据分析流程采用一站式自动化分析平台，采用10个函数实现了从数据预处理、差异性物质鉴定、分组、PK参数的计算、各种多元统计分析、相关分析、聚类分析等药代动力学及对机体效应分析的全部功能，最后均得到可视化的研究结果。
原文链接：
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx834
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