SITE-seq体外脱靶检测及高通量sgRNA筛选
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SITE-seq体外脱靶检测及高通量sgRNA筛选

产品属性

  • 品牌舒桐生物
  • 产地广州
  • 型号SITE-seq体外脱靶检测及高通量sgRNA筛选
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珠海舒桐医疗科技有限公司

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产品描述
TE-Pro体外脱靶检测
舒桐生物科技长期致力于基因编辑领域,其中也包括对脱靶检测手段的大力研发。近年来,我们成功开发了GUIDE-pro体内脱靶检测及SITE-pro体外脱靶检测。SITE-pro是由鼓润公司基于SITE-seq体外脱靶检测手段自主研发的高效、高敏感、高特异性、高通量的sgRNA脱靶检测及筛选的方法。
SITE-seq原理如下:提取高分子量DNA,直接进行体外切割,加带有生物素标记的接头,DNA片段化,加上另外一端接头,PCR扩增完成文库构建。最后采用PE150策略进行测序。SITE-seq原理及实验流程
舒桐SITE-Pro优势
  1. 无需高分子量DNA,普通提取的DNA即可;
  2. DNA需要量少,传统的SITE-seq每个样本至少需要的DNA10ug,改造后的SITE-Pro仅需5ug就能完成实验;
  3. 不受物种限制,无论是植物还是动物都可进行检测;
  4. 可同时检测多条sgRNA的在靶机脱靶,可用于大规模的sgRNA筛选;
  5. 不仅能检测SpCas9 的脱靶,还能检测SaCas9AsCpf1LbCpf1的脱靶;
  6. 脱靶位点相较于细胞内脱靶检测,其覆盖更加全面;
  7. 服务周期短,从准备DNA到最终可视化结果呈现,仅需1月。
舒桐升级版SITE-Pro的应用场景
  1. 高通量sgRNA筛选:
设计多条sgRNA后,利用SITE-Pro筛选切割效果最高,或者脱靶最低的sgRNA;无需再进行传统的耗时耗力的低通量筛选验证;
  1. 脱靶检测:
无论是植物还是动物,还是无法获取大量DNA或者高分子量DNA(如石蜡切片/长期冻存的细胞),都可采取该方法进行脱靶检测。另外,相较于体内脱靶检测,覆盖的脱靶位点更为全面。这对于基因治疗极为重要;
  1. 不仅适用于SpCas9,还适用于SaCas9AsCpf1LbCpf1
实验示例
杭州舒桐生物科技有限公司利用SITE-Pro对文献常检测的位点HEK293细胞系的site 1进行了脱靶检测,找到了更多的脱靶位点。
 
服务内容
服务项目内容周期价格交付形式
SITE-Pro建库+测序+分析25-35个工作日12000sgRNA质粒(可选)+原始数据+可视化结题报告
样品要求
  1. DNA样品总量:10ug以上,浓度50ng/ul以上;
  2. DNA样品纯度:OD260/280=1.8~2.0
  3. DNA样品完整性:DNA无降解,需提供凝胶电泳检测胶图。



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